Identification of novel genes involved in planar cell polarity establishment in the Drosophila eye
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2014
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: DUYGU KOLDERE
Danışman: ARZU ÇELİK FUSS
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Çok hücreli organizmalarda dokular, işlevlerini düzgün biçimde gösterebilmek için apikal-bazal ve düzlemsel hücre polaritesi ile oluşturulan hatasız hücre düzenine ihtiyaç duyarlar. Düzlemsel hücre kutuplaşmasının (DHK) kurulması için hücrelerin epitel yüzey boyunca organize olması gereklidir. Bu organizasyonu sağlayan mekanizmalar, çeşitli sinyal yolaklarını ve hücre iskeleti düzenlemelerini içermektedir. DHK genel hatları ile aydınlatılmış olmasına rağmen henüz bir bütün halinde tanımlanamamıştır. DHK'nin genetik kontrolü omurgalı ve omurgasızlar arasında yüksek oranda korunmuştur. Drosophila gözü, trapezoid oluşturacak şekilde dizilen fotoreseptörlerinin gözün farklı yarılarında zıt kutupları göstermesi ile açıkça gözlenebilen DHK'yi çalışmak için mükemmel bir model sistemdir. Polarizasyon sürecinde fotoreseptör kümeleri, kiralite kurulması ve omatidyal rotasyon ile takip edilen, R3/R4 hücre farklılaşmasının düzgün biçimde gerçekleştirilmesine ihtiyaç duyar. Biz iki farklı yaklaşım ile DHK kurulmasında rol oynayan yeni genler bulmayı amaçladık. RNAi ifade düşürme yöntemi ile altı olası R3/R4-spesifik genin (CG33259, cropped, faint sausage, polychaetoid, Stubble, taranis) etkilerini incelediğimiz ilk yaklaşım sonucunda, faint sausage (fas) geninin umut verici bir aday olduğunu bulduk. İleride, mutant analizleri için kullanmak üzere rekombinant fas-mutant sinekleri yarattık. İkinci kısımda, gözde DHK kurulmasında rol oynayabilecekleri düşünüldüğü için, FACS ile topladığımız R3/R4 hücrelerinde farklı seviyede ifade (FI) edilen genleri, RNA-Seq ile tespit ettik ve ets domain lacking (edl)'i ilgi çekici bir aday olarak belirledik. Şimdiye dek sadece iki transkripsiyon faktörünün R3/R4 farklılaşmasında rol oynadığı belirlendiği için yenilerini bulmak üzere FI datasetini kullanıp bu bilgiyi genişletmeyi amaçladık. Analizler altı geni olası regülatör olarak gösterdi: Trithorax-like, Grainy head, Jim, DNA replication-related element factor, Cropped ve CG7928. Ancak bu çalışma süresince valide edilemediler. Gözde DHK'ye katkı sağlayabileceklerini hipotez ederek gen düzenleme ağı datasından Svp ve hedef genlerini elde ettik. Validasyon için seçilen dört hedef genden (couch potato, bruchpilot, futsch, pebbled) yalnızca birinin, pebbled, Svp tarafından regüle edildiğini onayladık.