Integrated analysis of metobolme profiles and gene expression in respiratory deficient delection mutants of Saccharomyces cerevisiae

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2005

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: PINAR PİR

Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

ÖZETS. cerevisiae hücrelerinin çevresel ve genetik değişiklere verdiği transkripsiyontepkisi and metabolik tepkiler üzerine bir çalışma yapılmıştır. BY4743 temelli homozigotdelesyon mutantları ho/ho (referans alınan suş), hap4/hap4, oxa1/oxa1, bcs1/bcs1,rip1/rip1, mig1/mig1 ve heterozigot delesyon mutantları HAP4/hap4, RIP1/rip1,MIG1/mig1 havalandırmalı ve sürekli chemostat reaktörlerde büyütülmüştür. Üçretensiyon zamanı sonrasında toplanan örnekler, biyokütle, mRNA ve metabolitkonsantrasyonu analizlerine tabi tutulmuştur.Maya hücrelerinin gen delesyonlarına ve büyüme koşullarına verdiği transkripsiyontepkisi, merkezi karbon metabolizmasının transkripsiyon regulasyonunun incelenmesinimümkün kılmıştır. Elde edilen verilerle, yeni regulasyon bilgilerine ulaşılmıştır.Metabolit ve transkripsiyon verilerinin bütünleştirilmesi, kısmı en küçük kareler(PLS) metodu ile gerçekleştirilmiştir. Böylece transkripsiyon verileri kullanarak metabolitmiktarlarının modellenmesi mümkün olmuştur. PLS sonuçları, büyüme koşullarındayapılan değişiklikler sonucunda metabolit miktarlarının değişmesine sebep olan genlerinbelirlenmesini sağlamıştır.Transkripsiyonu korelasyon gösteren genler arasında bir ağ oluşturulmuş ve bu ağınvarolan fonksiyon atamalarını tahmin edebilme gücü test edilmiştir. Ağınzenginleştirilmesi ve tahmin gücünün arttırılması amacı ile diğer veri kaynaklarındanalınan bilgiler (aminoasit dizilimi benzerliği, protein-protein etkileşimi, paylaşılantranskripsiyon faktörleri) transkripsiyon verileriyle bütünleştirilmiştir. Çeşitli bilgikaynaklarından alınan bilgilerin bütünleştirilmesinin, bilinen genlerin fonsiyonlarının dahaiyi tahmin edilebilmesini ve fonksiyonu bilinmeyen birçok gene fonksiyon atanmasınısağlamaktadır.Bu çalışmanın sonuçları, daha önce bilinmeyen regulasyon ilişkilerinin ortayaçıkarılmasını, bir çok bilinmeyen gene fonksiyon atanmasını ve metabolitler iletranskripsiyon profilleri arasında bir ilişki kurulmasını sağlamıştır.