Statistical optimization of the production of TagI endonuclease by recombinant E. coli cells using response surface methodology

İLKEM EMRAH NİKEREL

Statistical optimization of the production of TagI endonuclease by recombinant E. coli cells using response surface methodology

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2003

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: İLKEM EMRAH NİKEREL

Danışman: RAMAZAN YILDIRIM

Özet:

VI ÖZET REKOMBİNANT.E. coli HÜCRELERİNDE Taql ENDONÜKLEAZ ÜRETİMİNİN YANIT YÜZEYİ YÖNTEMİ KULLANILARAK İSTATİSTİKSEL ENİYİLEMESİ Bu çalışmada, besiyeri ortamını oluşturan bileşenlerin, Taql endonükleaz genini taşıyan rekombinant E. coli BL21 konakçı hücrelerinin biyokütle konsantrasyonuna etkileri, Yanıt Yüzeyi Yöntemi kullanılarak incelenmiştir. İkinci derece polinominal model kurmak üzere, merkezi kompozit dönel tasanm ilkesine uyan 29 deney yapılmıştır. Optimum besiyeri bileşimi 15 g/L glikoz, 6.6 g/L di-ammonyum hidrojen fosfat, 20.12 g/L potassyum di-hidrojen fosfat, ve 1.7 g/L of magnezyum sülfat olarak bulunmuştur. Oluşması beklenen biyokütle miktarı 2.720 gram kuru biyokütle/L olarak öngörülmüştür. Bu koşullarda, deneysel olarak 2.680 gram kuru biyokütle/L saptanmıştır. Sonuç olarak önerilen ikinci derece model denklemin sistemi iyi bir şekilde temsil ettiği belirlenmiştir. Besiyeri bileşiminin, kontrollü Taql endonükleaz üretimi üzeirndeki etkileri de aynı istatistiksel tasanm kullanılarak incelenmiştir. Optimum besiyeri bileşimi 6 g/L glikoz, 1.5 g/L di-ammonyum hidrojen fosfat, 8 g/L potassyum di-hidrojen fosfat, ve 0.8 g/L of magnezyum sülfat olarak bulunmuştur. Modelin öngördüğü enzim verimi (179.2*106 U/gram kuru biyokütle) ile deneysel bulguların (178.03 U/ gram kuru biyokütle) uyum içinde olduğu gözlenmiştir. Bu sonuçlar da göstermiştir ki, besiyerini oluşturan etmenlerin, fermentasyon karakteristiği üzerinde önemli bir etkisi vardır ve bu etki ikinci derece bir polinom ile ifade edilebilir. Ayrıca, maksimum biyokütle miktarı için ve maksimum enzim verimi için eniyilenen besiyeri bileşimi çalışılan deneysel alanda birbirinden farklıdır.