Calcium signaling in multiple species: structural and functional analyses of protein interaction networks
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2011
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: SENEM TİVECİ
Danışman: TÜRKAN HALİLOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Kalsiyum, hücrede gerçekleşen birçok süreçte anahtar rol oynayan önemli bir ikincil taşıyıcıdır. Maya, solucan gibi canlılardaki kalsiyum sinyal mekanizmasını anlamak, insandaki kalsiyum sinyal yolizlerindeki bilinmeyen kısımları açıklığa kavuşturma ve kalsiyum ile ilgili hastalıkların tedavisine yönelik ilaç hedefleri bulma konusunda yardımcı olacaktır. Bu amaçla, bahsi geçen canlılardaki kalsiyum sinyal etkileşim ağlarını elde etmek için, fiziksel protein-protein etkileşimlerini Gene Ontology veri tabanındaki gen tanımlamalarına gore süzgeçten geçirerek protein etkileşim ağı oluşturulması amacıyla geliştirilmiş bir metot kullanılmıştır. Bu metot aracılığıyla oluşturulan etkileşim ağları makro ve mikro analiz yöntemleriyle detaylı olarak incelenmiş ve ağlardaki önemli proteinler tespit edilmiştir. Ağları oluşturan proteinler, hücrede görev aldıkları süreçler açısından incelendiğinde, üç ağın da hücre gelişimi, büyüme ve tranksripsiyon timeline dayalı işlemlere yöneldiği tespit edilmiştir. Grafik teorisi kullanılarak yapılan topolojik çalışmalar, insan ve maya ağlarının ortalama yol/yön uzunlukları, dereceleri ve çaplarının yakın olduğunu ve benzer özellikler sergilediğini göstermiştir. İnsan beynindeki kalsiyum sinyal ağı vücuttaki süreçleri yöneten organ olan beyinde yer alması sebebiyle, maya ve soluncanda görülen duruma ters olarak, vücudun geri kalanındaki kalsiyum sinyal ağına gore daha hızlı ve daha gürbüz olan ağ olarak bulunmuştur. Solucan etkileşim ağı ise, veri eksikliğinden olması muhtemel farklılıklar sergilemektedir. Oluşturulan kalsiyum sinyal ağlarını alt modüllerine bölerek inceleme yapılması ile görevi bilinmeyen proteinlere görev atamak mümkün olmuş ve komşu sayma metodu ile desteklenen moduler analiz sonucu mayadaki 17 proteine görev atanabilmiştir. Solucan ve insan ağlarında ise görev atanması için yeterli bulgu sağlanamamıştır. Son olarak, beyinde kalsiyum düzensizliğinden kaynaklı hastalıklar incelenmiş, elde edilen protein etkileşim ağı ile karşılaştırılmış ve literatürde öngörülen hastalık yolizleri ile dokuya özgü protein verileri arasında bilgi eksikliğine bağlı olduğu düşünülen uyuşmazlıklar saptanmıştır.