Characterization and regulation of human kim-1 gene promoter: the role of activator protein 1 (AP1)transcription factor
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2014
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: TİJEN BERGİN
Danışman: İBRAHİM YAMAN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Böbrek Hasarı Molekülü-1 (KİM-1), immünoglobulin süper ailesi hücre yüzeyi proteini olup, toksik veya iskemik hasar sonrası dediferansiye olmuş renal proksimal tübül epitel hücrelerinin yüzeylerinde büyük ölçüde üretilmektedir. KİM-1, böbrek hasarının bilinen en hassas belirteçidir ve FDA tarafından preklinik çalışmalar için 2008 yılında onay almıştır. Bu nedenle, insan Kim-1 geni promotorunun ve toksik hasar altında bu geni regüle eden transkripsiyon faktörlerinin karakterizasyonu büyük önem taşımaktadır. Bu amaçla, insan proksimal tübül epitel hücre hattı HK2 kullanılmıştır. Nefrotoksisiteye yol açtığı bilinen Okratoksin A (OTA), Gentamisin (GM) ve Sisplatin (CP), in vitro HK2 hücre kültürü sisteminde kemotoksik stres indükleyicileri olarak kullanılmıştır. Kemotoksik stress altında, anlamlı KİM-1 protein ve mRNA değişim miktarları, sırasıyla Western Blotlama analizi ve Kantitatif Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemleriyle gözlemlenmiştir. Kim-1 geninin minimal promotör bölgesi, Kim-1 geninin yukarı bölgesinin delesyonel mutasyon analiziyle karakterize edilmiştir. Strese cevap verdiği iyi bilinen AP1 proteininin Kim-1 geninin promotor bölgesine bağlandığı, Elektroforetik Hareketlilik Kayma Analizi (EMSA) ve Kromatin Immün Çöktürme (ChIP) tahlilleri kullanılarak gösterilmiştir. Ancak, geçici transfeksiyonlarda, lusiferaz raportör tahlilleri sonucunda yabanıl ve mutant AP1 -1010 pozisyon bağlanma bölgesini içeren plazmitler arasında anlamlı bir değişim açığa çıkmamıştır. Ayrıca, KİM-1 açık okuma çerçevesi (ORF), bakteriyel ve ökaryotik rekombinant protein ekspresyon vektör sistemlerine, sırasıyla KİM-1 antikoru üretimi ve KİM-1'in insan hücrelerindeki fonksiyonel rolünün açığa çıkarılması için klonlanmışlardır. Sonuçlarımız, Kim-1 geninin 700 bazlık yukarı bölgesinin minimal promotörü içerdiğini ve Kim-1 geninin AP1 ve diğer trans-hareket eden ya da cis-düzenleyici elementlerin kooperatif aktivitesiyle regüle edilebileceğini önermektedir.