Development of a data collection and analysis tool for protein-ligand interactions

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2017

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: MEHMET AZİZ YİRİK

Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Protein - ligand etkileşimlerinin analizi, yeni ilaçların gelişimine dönük çalışmaları yönlendirmektedir. Protein - ligand etkileşimi ile alakalı çalışmalar için, ilk adım doğru bir veri kümesinin oluşturulmasıdır. Bu veri toplama işlemi ya veritabanlarında manuel arama ya da bilgisayar destekli veri toplama yöntemleri kullanılarak tamamlanabilir. Manuel veri toplama, zaman alıcı ve hatalara açık olması nedeniyle zordur. Bu çalışmada, protein-ligand etkileşim verileri toplamak için yeni bir araç sunulmuştur. İlk olarak UniProt, ChEMBL, PubChem, PDB ve BindingDB'yi kaynak veritabanları olarak kullanan bir protein - ligand etkileşimi veri toplama aracı tanıtılmıştır. İkinci bölümde, sfingolipid ve insülin metabolizmalarının protein - ligand etkileşimlerini analiz etmek için bu araç kullanılmıştır. İlk olarak, her iki metabolizmanın veri setleri oluşturulup, ardından ligand merkezli ağ modelleri ligand analizi için inşa edilmiştir. Bu ağlara dayanarak, önce sfingolipid metabolizma proteinleri içindeki etkileşimleri, daha sonra insülin proteinleri ile olan etkileşimleri analiz edilmiştir. Ligand analizine göre spesifik etkileşimler ve önemli ilaçlar vurgulanmıştır. Bir çok sayıda proteinle etkileşime giren ilaçların yanı sıra, Tamoksifen ve Altretamin kanseri ilaçları, önemli Sfingolipit proteinleri, yani GLCM, ARSA ve AGAL ile etkileşime girmiştir. Küçük hücreli olmayan akciğer kanserinin tedavisinde kullanılan Ceritinib, Kit ve Lyn kinazlarıyla etkileşime girmiştir. Bu ligand tabanlı etkileşim ağı analizi, bu iki ağ arasındaki sinerjiyi vurgulamıştır.