Identification of novel proteins that interact with BRI3, a putative transcriptional target of the Wnt/ß-catenin signaling pathway
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2009
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: İZZET AKİVA
Danışman: NECLA BİRGÜL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Evrim süresince korunmuş bir yolak olan Wnt/ß-katenin sinyal yolağının omurgalı erken gelişiminde, eksen oluşumunda, hücre çoğalması ve morfojenezde önemli görevleri vardır. Bu yolağın aktivasyonu, transkripsiyonel aktivatör olan ß-kateninin çekirdeğe girmesine ve orada gelişimsel ve hücre döngüsü bağlantılı genlerin anlatımını düzenleyen Tcf/Lef transkripsiyon faktörlerini aktive etmesine yol açar. Labımızda önceden gerçekleştirilen SAGE analizi sonuçlarının ortaya koyduğu üzere, BRI3, ß-kateninin mutant formunun varlığında anlatımı önemli derecede artış gösteren genlerden bir tanesidir. Önceki çalışmalarda, BRI3 anlatımının lityum ile işlemden geçirilen Huh7 hücre hatlarında arttığı tespit edilmiştir. Öte yandan, yayınlanmış olan makaleleri göz önüne alırsak, BRI3'ün TNF-? aracılı hücre ölüm yolağında çok önemli bir rolü olduğu ortaya konulmuştur. BRI3'ün promotör aktivitesi lüsiferaz raportör deneyleri ile analiz edilmiş ve ß-kateninin aşırı anlatımından dolayı bu promotör aktivitesinin arttığı tespit edilmiştir. Bu çalışmada, BRI3 proteini yem olarak kullanılarak, insan karaciğeri cDNA kütüphanesi maya iki hibrit yöntemi kullanılarak taranmış ve BRI3'ün Wnt/ß-katenin sinyal yolağı dahilindeki işlevini açığa çıkartmaya olanak sağlayacak yeni bağlanma partnerlerinin keşfedilmesi amaçlanmıştır. Maya çiftleştirilmesi yoluyla kütüphane taramasının sonucunda tanımlanan 2 aday klon, kompetan maya hücrelerinde gerçekleştirilen kotransformasyon yöntemiyle doğrulanmıştır, fakat sonuçların memeli hücreleri kullanılarak yapılacak olan birlikte immün çöktürme yöntemi ile de doğrulanması gerekmektedir. Sonuç olarak, bu çalışma en başta, BRI3'ün Wnt/ß-katenin sinyal yolağındaki aksiyon mekanizmasının tanımlanması için gerekli olan, BRI3 ile iletişime geçen yeni proteinlerin keşfedilmesine öncülük edecektir. Buna ilaveten, Wnt/ß-katenin yolağı ile TNF-? aracılı hücre ölüm yolağı arasındaki olası bir etkileşimin açığa çıkmasına olanak sağlanacaktır.