Identification of protein partners of acidic calponin
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2010
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: EMİNE DİNDAR
Danışman: NECLA BİRGÜL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Asidik calponin proteini kodlayan genin anlatımının farklı beyin tümörlerinde arttığı labımızda geliştirilen Oncoreveal adlı araç tarafından tespit edilmiştir. Bu sonuçlar farklı beyin dokuları kullanılarak teyit edilmiştir. Yayınlanmış olan makalelerde asidik calponin proteinin TGFß/BMP yolağında sinyal iletimini sağlayan Smad1/5 proteinleri ile etkileşim içerisine girerek bu yolağın çalışmasını engellediği tespit edilmiştir. TGFß/BMP yolağının çalışmasını artırarak beyin tümörlerinde azalma gözlenmesi bu yolak ile birlikte onu etkileyen proteinlerin de beyin tümörlerinde önemli görevler alabileceği düşünülmekte. Asidik calponin bu yolakla etkileşim içerisinde bulunması ve beyin tümörlerinde anlatımında artış göstermesi bu genin de beyin tümörlerinde bir önem taşıyabileceğini düşündürmekte. TGFß/BMP yolağının farklı yolaklar ile etkileşim içerisinde bulunması ve asidik calponin proteinin farklı dokularda üretildiği göz önüne alarak bu protein karaciğer dokularındaki görevini tespit etmeyi amaçlamaktayız. Bu genel amacı gerçekleştirme yolunda ilk adım olarak asidik calponin proteinin etkileşim içerisinde bulunduğu proteinleri tespit ederek asidik calponinin karaciğer dokusundaki görevi ile ilgili ipucu elde edilmeye çalışıldı. Bu amacı gerçekleştirmek için insan karaciğer kütüphanesi maya iki hibrid yöntemi kullanılarak tarandı. Asidik calponin proteinin ring finger protein 10 (RNF10) ve RAS p21 protein activator (RASA1) proteinleri ile etkileşim içerisinde olduğu tespit edildi. RNF10 ile olan etkileşim memeli hücreleri kullanılarak birlikte immün çöktürme yöntemiyle teyit edilmiştir. Asidik calponin etkileşim içerisinde bulunduğu diğer proteinlerin tespit edilmesi hem karaciğer hem de başka yolaklar ile bir etkileşimin olup olmadığını tespit etmek için yardımcı olacaktır.