Investigation of dynamic allostery in motor proteins
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: CİHAN KAYA
Danışman: TÜRKAN HALİLOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Allosteri protein fonksiyonunun düzenlenmesinde anahtar bir kavramdır. İletişim yolları, allosterik sinyal veya enerji yayılma yollarının eşdeğeri olan, allosterik mekanizmasının en önemli yönüdür. Monte Carlo patika üretimi ve kuvvet dağılımı analizi allosterik sinyal iletiminde önemli rolü olan rezidüleri belirlemek için yeni yöntemler olarak önerilmiştir. Metodoloji genellikle hücre içi ortamda kargo taşımacılığı temel unsuru olan motor proteinlere uygulanmıştır. Kinesin proteini, ATP bağlanması ve hareketliliği arasındaki doğrudan ilgi ve allosterik sinyal geçişine dayalı iletişime bağlı olduğu için burada bir vaka çalışması olarak kullanılır. Analizlerin amacı bilinen önemli allosterik bölgeler dışında başka bir anahtar bölge bulmak olup, kullanılan iki metodun sonucunda yeni bir bölge grafik merkezi parametreleri ve kuvvet dağılım analizleri sonucunda önerilmiştir. Monte Carlo yolu oluşturma yöntemi için PDZ proteinleri, sığır rodopsin proteini ve kuvvet dağılımı için metionin represörü ve pürin represörü üzerinde test çalışmaları yapılmıştır. Tahmin edilen allosterik rezidüler önceki çalışmalar ile bir uyum göstermektedir. Algoritmaların doğrulanması için, atomik kuvvet mikroskobu ile çekme deneyleri yapılmaktadır. Farklı bölgelerden kuvvet uygulaması ile kopma kuvveti değişim hesaplanması, yaklaşımların geçerliliği hakkında bilgi verecektir. Önerilen çalışma olarak, yeni bulunan bölgeler farklı işlevlenme yöntemleriyle test edilecektir. Genel olarak, önerilen yöntemler sinyal olaylarının önemi olan rezidüleri tanımlamak için potansiyele sahiptir.