Characterization of novel WNT/β-catenin pathway targets

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2016

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: İZZET AKİVA

Danışman: NECLA BİRGÜL

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Evrimsel süreçte korunmuş bir yolak olan Wnt/β-katenin sinyal yolağının omurgalı erken gelişiminde, eksen oluşumunda, hücresel farklılaşma ve morfojenezde önemli görevleri vardır. Bu yolağın aktifleşmesi, β-catenin molekülünün hücre çekirdeğine taşınmasını ve orada T-hücresi faktörü/Lenfoid arttırıcı faktör (Tcf/Lef) ailesinden olan transkripsiyon faktörlerini aktifleştirerek gelişimsel ve hücre döngüsüyle alakalı genlerin anlatımlarını düzenler. Birçok farklı hücresel süreçteki görevinin dışında, Wnt/β-katenin sinyal yolağı aynı zamanda kanser gelişiminde de kritik öneme sahip hücre içi yolaklarından bir tanesidir. Bu yolağın açığa çıkarılan hedef moleküllerinden çok önemli bir kısmının mutasyona uğradıkları taktirde tümör oluşturucu karakterde oldukları bilinmektedir. Laboratuarımızda yapılan çalışmalarda, BRI3 geninin bu yolağın transkripsiyonel hedef genleri arasında bulunduğu doğrulanmıştır. Yeni hedef genlerin karakterizasyonu amacıyla birçok farklı yaklaşımdan faydalanılmıştır. Çalışmamızın ilk aşaması olarak, Maya ikili hibrit ve Co-IP teknikleri sayesinde IFITM3 ve MGAT1 proteinleri BRI3'ün bağlanma partnerleri olarak belirlenmiştir. BRI3 protein seviyesinin TNF-α muamelesine bağlı olarak yükseldiği görülmüş ve BRI3'ün yüksek anlatımının NFkB promotor aktivitesinde artışa yol açtığı belirlenmiştir. Öte yandan, Wnt/β-katenin sinyal yolağının varsayılan hedef genlerinden biri olan MGAT1'ın β-katenin aktifleşmesi sonucu anlatımının arttığı saptanmıştır. Yapılan hücre çoğalması ve yerdeğiştirimi deneylerinde BRI3 ve MGAT1 genlerinin yüksek anlatımları sağlanan Huh7 hücrelerinin kontrol Huh7 hücrelerine göre proliferatif ve invazif kapasitelerinin daha yüksek olduğu belirlenmiştir. In vivo ksenograft deneylerinde ise bu genlerin her birinin yüksek anlatımları sağlanan Huh7 hücre hatlarının NUDE/SCID farelerin deri altlarına enjekte edilmesi sonucunda tümör büyüme hızında artış görülmüştür. Oluşan tümörler RNA sekanslama yöntemi kullanılarak transkriptomik analize tabi tutulmuş ve bu sayede kanserin oluşma sürecinde hangi genlerin ve sinyal yolaklarının rolü olduğunun belirlenmesi amaçlanmıştır.