Investigation of conformational dynamics of an enzyme-inhibitor system by coarse-grained simulations

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 1998

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: NEŞE KURT

Danışman: TÜRKAN HALİLOĞLU

Özet:

ÖZET Substilisin enzimi ve chymotrypsin inhibitörünün serbest ve bağlı hallerdeki konformasyonal dinamiği düşük uzaylı, kafes dışı bir dinamik Monte Carlo (MC) simulasyon yöntemi kullanılarak incelenmiştir. Kullanılan düşük uzaylı modelde her rezidü, biri ana zincirin alfa karbonunda, diğeri yanal grupta olmak üzere iki etkileşme merkezi ile temsil edilmiştir. Simulasyonlarda, bilinen protein yapılarından çıkarılmış olan enerji ve geometri parametreleri kullanılmıştır. Alfa karbonların ortalama pozisyonlarından oynamalarının kareleri, kristal sıcaklık faktörlerinden elde edilenler ile iyi uyuşmaktadır. Rezidülerin ortalama oynamaları arasındaki çapraz-korelasyonlar, serbest ve bağlı hallerde kooperatif şekilde hareket eden birimleri vermektedir. Sanal bağların zamana bağlı yönlenme ve konformasyon otokorelasyonları, serbest ve bağlı hallerde konformasyon dinamiğinin ve bağlanma sonucu oluşan değişikliklerin incelenmesine olanak sağlanmaktadır. Bağlanma sonucu, özellikle bağlanma bölgelerindeki sanal bağların dönme hareketliliğinin azaldığı görülmektedir. Bağlanma, genel olarak inhibitörü Substilisin'den daha fazla etkilemektedir. Hidrojen/ Döteryum (H/D) değişim davranışı ile uzun zamanlardaki yönlenme ve konformasyonal otokorelasyon değerleri arasında bir bağlantı olduğu görülmüştür. Kompleks oluşumu sonucu, korelasyon gösteren sanal bağ sayısında artış gözlenmiştir. Sıralamada yakın olan bağlar arasında, tüm zamanlarda korelasyon görülürken, uzak olanlar arasındaki korelasyonlar uzun zamanlarda oluşmuştur ve bunlar sırası ile ikincil ve üçüncül yapının dengede kalmasına katkıda bulunmaktadır.