Structural analysis of epidermal growth factor receptor and yeast signaling networks
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2007
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: SALİHA DURMUŞ TEKİR
Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Hızlı-tarama teknolojilerindeki yeni gelismeler büyük ölçekli sinyal ileti agyapı modellerinin olusturulmasına ve bu modelleri analiz etmekte kullanılan metodların gelistirilmesine olanak saglamaktadır. Bu tez çalısması kapsamında epidermal büyüme faktörü almacı sinyal ileti agyapısı ve maya hücresindeki sinyal mekanizmaları grafik teorisi ve yolizi analizi yöntemleri ile yapısal olarak incelenmistir. Epidermal büyüme faktörü almacı sinyal ileti agyapısı memeli canlı hücrelerinde büyüme, yasama, çogalma ve baskalasma mekanizmalarını düzenlemektedir. Bu agyapı, en fazla incelenmis ve en iyi anlasılmıs sinyal ileti sistemlerindendir ve günümüzde sinyal iletim sürecindeki genel mekanizmaları anlamak amacıyla kullanılmaktadır. Grafik teorisi teknikleri kullanılarak yapılan analiz sonucunda EGFR ve maya sinyal ileti agyapılarının küçük-dünya yapısına sahip oldugu bulunmustur. Bu agyapıların içerisindeki sinyal moleküllerinin birbirleriyle olan baglarının dagılımının ölçekbagımsız oldugu ve güç-yasası modeline uyum sagladıgı anlasılmıstır. EGFR sinyal ileti agyapısına yolizi analizi uygulandıgında sinyal iletimi sonucunda en sık meydana gelen fenotipin programlanmıs hücre ölümü oldugu gözlemlenmistir. Bu fenotip diger fenotiplerle yaklasık olarak aynı sayıdaki dogrusal yola en kısa yol uzunlugu ile ulasmaktadır. Diger fenotipler arasında ise tümör olusumu ve mitojenez fenotiplerinin çevresel ve genetik degisikliklere karsı en dayanıksız oldugu bulunmustur. Hücre dısı sinyal proteinlerinden bu fenotiplere giden bütün dogrusal yollar aynı altı sinyal molekülünden geçmektedir. Maya sinyal ileti agyapısında ise sahip oldukları dogrusal yolların sayısına paralel sekilde, hücrenin G1 ve S fazları arasındaki geçisten sonra hücre duvarının düzenlenmesi en sık görülen, çiftlesme ise en az görülen fenotip olarak bulunmustur. Yolizi analizi ile dogrusal yollar içerisinde en fazla görev alan moleküller belirlenerek agyapıdaki en önemli sinyal molekülleri bulunmustur. EGFR sinyal ileti agyapısında kofaktör GTP ve kompleks Gb/Gg'nın agyapının bütün fenotiplerine giden dogrusal yolların % 70'inden fazlasında görev aldıgı gözlemlenmistir. Mayadaki sinyal ileti agyapısındaki bütün fenotiplere giden dogrusal yollarda görev alan proteinler ise Rvs167 ve Sla1 olarak bulunmustur.