Virtual screening and docking of potential Protein Kinase B inhibitors

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2012

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: SEVAL KENAR

Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada, pankreas ve yumurtalık kanseri vakalarının %30-40'ında aktivasyonu gözlenen protein kinaz B-ß (PKB-ß / AKT-2) için yeni ?ATP rekabetçi? inhibitörlerin moleküler doklanması hedeflenmiştir. AKT-2 proteininin farklı inhibitörlere bağlandığında geçirdiği yapısal değişiklikleri hesaba katmak için iki farklı AKT-2 yapısına, Phase ile üç boyutlu farmakofor filtreleme ve Glide ile çok adımlı doklama ve skorlama uygulanmıştır. CoCoCo molekül kütüphanesi isabet molekülleri (hit) bulmak için taranmıştır. Bu çalışmada kullanılan uygulama ile farmakofor oluşturma ve veritabanı tarama yöntemleri birleştirildi, bağlanma sırasındaki protein yapısal değişikliği iki farklı protein konformasyonu kullanılarak ele alındı, ve aynı zamanda korunmuş su molekülleri aktif bölgeye dahil edilerek çözünme etkisi dikkate alındı. Üst sıradaki moleküllerin AKT-2 ile olan etkileşimleri detaylı olarak analiz edildi ve Glide'ın nihai doklama sonuçları, önceden tanımlanmış inhibitörlerle yapılarına ve kimyalarına göre karşılaştırıldı. Sonuç olarak, on olası inhibitör önerildi ve bu moleküllerin ADME ve PKB-ß' ya seçicilik özellikleri incelendi.