FUNCTIONAL CHARACTERIZATION OF THE INTELLECTUAL DISABILITY-ASSOCIATED RNFT2-C384R VARIANT IN NEURONAL PROTEOSTASIS

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2026

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: SEMİHA TOZKOPARAN

Danışman: İBRAHİM YAMAN

Özet:

Endoplazmik retikulum (ER) proteostazının bozulması, nörogelişimsel bozukluklarla giderek daha fazla ilişkilendirilmektedir. RNFT2, zarla ilişkili bir E3 ubiquitin ligazı olarak öngörülmektedir ve nadir bir varyant olan C384R mutasyonu zihinsel yetersizlikle ile ilişkilendirilmiştir; ancak RNFT2'nin hücresel rolleri ve bu mutasyonun sonuçları yeterince çalışılmamışır. Bu çalışmada, zihinsel yetersizlikle ilişkili RNFT2-C384R varyantının ve RNFT2 kaybının etkileri araştırılmıştır. C384R mutasyonunun RNFT2 protein stabilitesi veya bazal düzeylerini değiştirmediği ve yabanıl tip ile mutant proteinin kolokalize olduğu gösterilmiştir. MiniTurbo BioID proteomik analizi, RNFT2'nin ER–Golgi trafiği ve proteostaz faktörleri ile ilişkili olduğunu ortaya koymuştur. Bu bulgular, RNFT2'nin tek bir substrat üzerinde etkili olmaktan ziyade ER'den çıkışı protein katlanma denetimi ile koordine eden bir konumda olduğunu düşündürmektedir. Proteazom inhibisyonu ayrıca RNFT2'nin proteazoma duyarlı protein dönüşüm paternini şekillendirdiğini ve hem ortak hem de C384R'a özgü trafik ve stres düzenleyici ağların yeniden modellenmesine yol açtığını göstermiştir. CRISPR–Cas9 ile oluşturulan susturulmuş RNFT2 hücrelerinde RNFT2 proteini saptanamamıştır ve bu hücrelerde yapılan tunikamisin ile indüklenen ER stresi altında, PERK ve IRE1α düzeyleri değişmemesine rağmen BiP ve CHOP indüksiyonunun azaldığı gözlenmiş, bu da UPR algısının kaybından ziyade aşağı akım UPR yanıtının zayıfladığını göstermiştir. Kalneksin düzeylerindeki seçici değişim, RNFT2'yi glikoprotein kalite kontrolü ile ilişkilendirmiştir. Son olarak, retinoik asit ile indüklenen SH SY5Y farklılaşma deneylerinde RNFT2-KO hatlarda nörit uzunluklarında belirgin bir fark izlenmemiş, ancak daha yüksek örneklem gücü ile yeniden değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır. Bu bulgular, RNFT2'nin kendi stabilitesi veya lokalizasyonundan ziyade ER proteostazı ve trafik ağlarını düzenlediğini göstermektedir. C384R varyantının RNFT2 ekspresyonunu ortadan kaldırmaktan çok proteostaz ayarını değiştirdiği, RNFT2 kaybının ise ER stresine adaptif yanıtı zayıflattığı anlaşılmaktadır. Bu sonuçlar, RNFT2 ile ilişkili nörogelişimsel patolojinin mekanizmalarına ışık tutmaktadır.