Analysis of genetic network using graph matching

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2002

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: YASEMİN TÜRKELİ

Danışman: SADIK FİKRET GÜRGEN

Özet:

ÖZET GENETİK AĞLARIN ÖZNITELIKLİ ÇIZGE EŞLEME KULLANILARAK ÇÖZÜMLEMESİ Bioinformatik, fazla miktardaki biyolojik verilerin işlenmesi ve sonuçlara ulaşılabilmesi için örüntü algılama ve veri madenciliği alanlarının istatiksel ve hesaplanabilir yöntemlerini kullanır. Bu tezde yapılan çalışma, genler arasındaki etkileşimleri bir çizge ile modellemek ve de bu çizgelerin farklı canlılar arasında ne derece uyumlu olduğunu incelemektir. İki çizge arasındaki eşlemeden sonra açıkta kalan düğüm ve bağlantıların henüz keşfedilmemiş bağlantıların, genlerin ya da proteinlerin varlığına işaret edeceği düşüncesinden hareketle, gen ürünlerinin işlevlerini tanımlamak hedeflenmiştir. Bu tezde gen ağlarının özellikleri incelenip uygun bir çizge eşleme algoritması geliştirilmiş ve gerçeklenmiştir. Ağ, gen ve proteinler için hazırlanmış ikili etkileşim tablolarından modellenmiştir. Diğer bir çok karmaşık ağlar gibi, genetik ağların da ölçeklenemez özellikler gösterdiği saptanmıştır. Ölçeklenemez ağların ayırt edici özelliklerinden yararlanarak arama uzayını sınırlayan bir çizge esleme aracı geliştirilmiştir. Esleme ölçütleri ve değerlendirme için kullanılan buluşsal yöntemler eslemeye çalıştığımız ağların kendilerine özgü bağlanırlık dağılımından, kümeleşmiş yapısından, düğümler arası ortalama uzaklığın kısa olmasından ve az sayıda bağlantıya sahip olmasından faydalanır. Çizge esleme uygulaması girdi olarak etkileşim listelerini alır ve çizgeleri oluşturur. Çıktı olarak eşleştirilmiş düğümler listesi üretilir. Eslemenin uyuşmayan bölümleri de bildirilir. Geliştirilen yardımcı uygulamalar ölçeklenemezliği test eden program ile nükleotid dizisi hizalamayı sağlayan araçtır.