Identification of allosteric binding sites of the Allatostatin receptor type-C of pine processionary moth
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: KÜBRA KAHVECİ
Danışman: NECLA BİRGÜL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:G-proteinine bağlı reseptörler (GPCR'ler), yedi transmembran alfa sarmaldan oluşan hücre yüzeyi reseptörleridir. GPCR'leri hedefleyen ilaçlar, klinik olarak onaylanmış ilaçların üçte birini oluşturmaktadır ve birçoğu korunmuş ortosterik bölgeyi hedef aldığından, kronik uygulama, ilaç direnci ve duyarsızlaşma gibi yan etkilere neden olurlar. Allosterik cepler topografik olarak ortosterik bölgeden farklıdır. Allosterik modülatörler, ortosterik bölgenin ve ligandlarının bağlanma ve sinyal özelliklerininde ince ayar yapabilir, aşırı doz riskini azaltabilir ve daha az korunmuş ceplere bağlanarak spesifikliği arttırabilirler. Böcek GPCR'lerin birçoğu böceklerde farklı fizyolojik fonksiyonları düzenler. Bu sebeple haşere kontrol ajanları geliştirmek için potansiyel hedeflerdir. C-tipi Allatostatin Reseptörü (AstR-C), A sınıfı bir GPCR'dir ve böcekler için hayati önem taşıyan Juvenil Hormon sentezini düzenlediğinden potansiyel bir pestisit hedefi sunar. Thaumetopoea pityocampa, Akdeniz çam ormanlarının gelişimini ve hayatta kalmasını ana tehdittir. Bu çalışma ile AstR-C'nin allosterik bağlanma ceplerini tanımlamak ve allosterik modülatörlerini bulmak, in silico ve in vitro yöntemler kullanarak verimli, işlevsel, ve daha güvenli bir pestisit sağlamayı amaçlanmaktadır. Allosterik bağlanma bölgelerini belirlemek için çeşitli allosterik paket tahmin araçları ve kör yerleştirme yöntemleri kullanıldı. Üç potansiyel bölgeye sanal tarama uygulandı ve uygun moleküller moleküler dinamik simülasyonlarına ve MM-GBSA analizine tabi tutuldu. Transmembran (TM) alanları 4, 5 ve ECL-2'de iki potansiyel allosterik bölge tespit edildi. TM 3-4 ve ICL-2 arasında üçüncü bir cep belirlendi. Her bağlanma bölgesi için iki molekül olmak üzere toplam 5 molekül, analizlerde umut verici sonuçlar verdi.