Identification of interferon regulatory factor 4 (IRF4)-interacting proteins in melanoma cell lines

EKİN ECE ERKAN

Identification of interferon regulatory factor 4 (IRF4)-interacting proteins in melanoma cell lines

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2015

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: EKİN ECE ERKAN

Danışman: NEŞET CEVDET TOLGA EMRE

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

IRF4, interferon regulatory factor ailesinden bir transkripsiyon faktördür. IRF4, daha once sadece B-hücresi gibi bağışıklık hücreleri ve malignansileriyle ilişkilendirilmiştir. Ancak son zamanlarda, bağışıklık hücresi olmayan adiposit ve melanosit gibi hücre tiplerinde de IRF4 ekspresyonu gözlemlenmiştir. IRF4 proteinin melanosit ve melanoma hücrelerindeki ekspresyonu, bizi IRF4 proteinin melanoma hücreleri üzerindeki etkisini araştırmaya yönlendirdi. Proteinler hücredeki fonksiyonlarını yerine getirmek için başka proteinlerle etkileşim içine girerler. IRF4'un da bağışıklık hücrelerinde tanımlanmış bir çok etkileşim partnerleri bulunmaktadır; özellikle ETS ailesine ait transkripsiyon faktörleriyle olan etkileşiminin B hücresi malignansilerinde önemli bir role sahip olduğu gözlenmiştir. IRF4'ün melanoma hücrelerindeki etkileşim partnerleri henüz tanımlanmamıştır ve bunların tanımlanması IRF4'ün melanoma progresyonu üzerindeki etkisine de ışık tutacaktır. Bu amaçla, biz de Tandem affinity purification (TAP) ve BioID metodlarını kullanarak IRF4 ile etkileşime giren proteinleri tanımlamayı amaçladık. TAP ve BioID metodları ile elde edilen kütle spektrometresi dataları sonucunda tanımlanan IRF4'ün muhtemel etkileşim partnerlerinin çoğunun RNA'nın işlenmesi ve RNA uçbirleştirme fonksiyon- larında görev alması IRF4'ün de böyle bir fonksyionu olabileceğini göstermektedir; ancak böyle bir çıkarım yapabilmek için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır. TAP ve BioID metodları sonucunda kütle spektrometrisinden elde edilen proteinlerden ikisi, IRF4 ile etkileşimlerinin konfirmasyonu için başka çalışmalarda kullanılmıştır ve bunlardan bir tanesinin SKMEL28 melanoma hücre hattında IRF4 ile etkileşimi TAP ve BioID metodlarına ek olarak başka metodlarla da gösterilmiştir. Bu transkripsiyon faktörü IRF4'ün yeni bir etkileşim partneridir ve daha once başka çalışmalarda gösterilmemiştir.