Study of protein-protein interfaces using Gaussian network model

SEREN SONER

Study of protein-protein interfaces using Gaussian network model

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2009

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: SEREN SONER

Danışman: TÜRKAN HALİLOĞLU

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Arayüz tipleri, proteinlerin fonksiyonlarını gerçekleştirme mekanizmalarını anlamakta kullanışlıdırlar. Arayüz tipi zorunlu, zorunlu olmayan, veya kristal (biyolojik olmayan) şeklinde sınıflandırılır. Önceki araştırmalarda arayüz tipi, korunum, arayüzdeki aminoasit dağılımı, hidrofobiklik, şekil gibi çeşitli dizilim ve yapı bazlı yöntemlerle tayin edilmeye çalışılmıştır. Bu tezde, arayüz tipini tahmin etmek icin proteinlerin Gaussian Ağ Modellenmesi ile elde edilen aminoasitlerin dalgalanmasına dayanan bir metod geliştirilmistir. Puanlama fonksiyonu, arayüz tipini tanımlamak için alanları, kompleks yapı üzerindeki arayüzde ilişkilenen bölgeleri ve kompleksin zincirlerinin izole durumlarındaki önerilebilir bağlanma noktalarını analiz etmektedir. Metodun güvenilirliği iki veritabanı üzerinde test edilmiştir; PPI-Pred ve CAPRI. PPI-Pred veritabanındaki 111 proteinden zorunlu proteinlerde başarılı tahmin oranı yüzde 82, zorunlu olmayan proteinlerde başarılı tahmin oranı yüzde 76.5'tir. CAPRI yarışmasında ise, 1600 model arasından seçilen on modelden altısı başarılı olmuştur. Bu durum, metodun aynı zamanda biyolojik ve biyolojik olmayan arayüzleri ayırmaktabaşarılı olduğunu da gostermiştir. Kompleks yapıların arayüz tipinin tahmini için bir web sunucusu kurulmuştur (http://www.prc.boun.edu.tr/appserv/prc/interprot/).