A MICROFLUIDIC STUDY ON THE REGULATION OF RIBOSOME BIOGENESIS IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE

EKİN YURDAKUL

A MICROFLUIDIC STUDY ON THE REGULATION OF RIBOSOME BIOGENESIS IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2018

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: EKİN YURDAKUL

Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Mikrobioreaktörler, biyolojik çalışma alanında hücrelerin sürekli akış̧ altında gözlemlenebilmesi açısından ekonomik, verimli ve kullanışlı reaktörlerdir. Bu nedenle, bu tez kapsamında yapılması amaçlanan deneyler için, floresan geçirgenliği yüksek olan COP (siklo olefin kopolimer) malzemesinden mikro çipler üretilmiştir. Çiplerin üretimi için giriş̧ deliklerini delme, sıcak kabartma ve ısıl sıkıştırma ile tutturma proseslerinin adımları ve parametreleri optimize edilmiştir. Üretilen mikro bioreaktörlerde, eş zamanlı olarak iki farklı deney; ve her bir deney birbirinden bağımsız olacak şekilde 8 bölümde denge durumunda gerçekleşebilmektedir. Glikoz açısından zengin YPD ve YNB ortamları kullanılarak, hidroksiüreye maruz bırakılan – ribonükleotidredüktaz inhibitörü- NOP56 proteini kırmızı floresan etiketli hücrelerdeki değişim, 16 saat boyunca mikro bioreaktörde gözlemlenmiştir. Değişik konsantrasyonlardaki hidroksimetilfurfural, maddelerinin hücre büyümesi inhibitörünün, ribozom biyogenezindeki etkisinin araştırılması için aynı tip hücrelere, YNB ortamında, eş zamanlı olarak mikrobioreaktör deneyleri yapılmıştır. Rapamisin protein kompleksinin memeli hedefi inhibitörü olan metforminin, hücre büyümesinde ve ribozom biyogenezindeki etkileri de yine aynı tür maya hücreleri kullanılarak gözlemlenmiştir. Deneylerde maya hücreleri belli aralıklarla Nikon TI-E ters mikroskobu altında gözlemlenmiş̧ ve aydınlık alan ve floresan görüntüleri çekilmiştir. Çekilen fotoğraflar Fiji- ImageJ programında tek hücre olacak şekilde işlenmiştir. Elde edilen ve hesaplanan veriler ile, hücre alanı, çevresi, hacmi ve entegre floresan yoğunluğunun her bir hücre için zamana göre profilleri çıkartılmış̧ ve deneylerde eklenen inhibitörler çerçevesinde yorumlanmıştır. Floresan görüntülerinin hücre-hücre incelenmesi sonucunda, hidroksimetilfurfural / hidroksiüre ve metformin inhibitörlerinin NOP56 genini baskıladığı gözlemlenmiş̧, hidroksimetilfurfural ve hidroksiüre içeren deneylerdeki maya hücrelerinin ilaçsız ortamla tekrar beslendiğinde 10 saat sonucunda yeniden canlandığı gözlemlenmiştir.