Effect of temperature on collective dynamics of proteins: A time series analysis
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2008
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ÖZLEM TÜRE
Danışman: BURAK ALAKENT
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Moleküler Dinamik simülasyonları proteinlerin iç hareketlerini analiz etmek için kullanılır. Bu tezde, dihidrofolat redüktazın (DHFR) apo formunun ve triozfosfat izomerazın (TIM) hem apo hem de holo formlarının moleküler dinamik verileri üç farklı sıcaklıkta, 200 K, 300 K ve 400 K'de, incelenmiştir. Analizler çoğunlukla iki metodun kullanımını kapsamaktadır: kolektif protein salınımlarını yüksek ortalama kareler dağılımı ile tespit etmek için ana bileşenler (esas modlar) analizi ve kolektif titreşimsel hareketleri ayrıntılı olarak incelemek için doğrusal zaman serileri analizi. DHFR ve TIM için elde edilen zaman serileri model parametreleri birbirine benzerdir. Bu da analizin güvenilir olduğunu göstermektedir. Yüksek sıcaklıklarda kolektivitenin ve bütünsel burulma hareketinin azaldığı tespit edilmiştir. Düşük sıcaklıklarda, önemli bölgelerin hareketlerinde azalma olmuştur. Zaman serileri analizi ile ilk 40 moda ait titreşimsel frekanslar çıkarılmış ve bu frekansların farklı moleküler dinamik çalışmaları için olasılıksal yoğunluk fonksiyonları karşılaştırmak amacıyla figür olarak çizilmiştir. Yüksek sıcaklıklardaki simülasyonların daha düşük frekans dağılımları olduğu görülmüştür. Bununla beraber, 300 K ve 400 K arasındaki frekans geçiş aralığı 200 K ve 300 K' dekine göre daha dardır. TIM'in bağlı formunun frekansları serbest formuna göre 200 K' de daha önceki çalışmada bulunduğu gibi daha yüksektir. Fakat ligand bağlanması 200 K'de TIM'in her iki monomerinin de bütünsel burkulma hareketini bozmuştur ki bu 300 K için daha önceki yapılan bir çalışmada bulunanın tam tersidir. Bu durum, ligand bağlanmasının proteinin kolektif hareketleri üzerinde farklı sıcaklıklarda faklı etki yapabileceğini göstermektedir.