Genome-wide localisation analysis for IRF4 target gene identification in melanoma cell lines
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2015
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ULDUZ SOBHI AFSHAR
Danışman: NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:İnterferon düzenleyici faktör 4 (IRF4), bağışıklık sistemi hücrelerinin fonksiyonlarında ve gelişimde önemli rol oynar. Ayrıca, IRF4 anlatımındaki artışın, bazı miyeloid ve lenfoid kanserlerinin hayatta kalmasında etkili bir faktör olduğu gösterilmiştir. IRF4 anlatımının melanosit ve melanom gibi immünolmayan hücrelerde ve tümörlerde de mevcut olduğu gösterilmiştir. Bizim laboratuvarımızda ve başka yerde yapılan araştırmalar, yüksek seviyedeki IRF4 anlatımının melanosit ve melanom hücre hatlarının yaşamsal faaliyetleri için kritik olduğunu göstermiştir. Melanomda IRF4 tarafından düzenlenen genler konusunda bildiklerimiz oldukça kısıtlı olduğu için Kromatin İmmünçoktürme-yüksek kapasiteli DNA dizilemesi (ChIP-seq) kullanarak IRF4'ün genom düzeyindeki lokalizasyonunu tanımlamayı hedefledik. Laboratuvarımızda ilk olarak ChIP-kantitatif PCR (ChIP-qPCR) methodunu kurup optimize ederek farklı bölgelerde birkaç IRF4 bağlanma bölgesi tespit ettik. Melanosit gelişimi için önemli bir gen olan tirozinaz bu bölgelerde bir örnek tir. Sonrasında, genom düzeyindeki hedef bölgeleri belirleyebilmek için bir melanom hücre hattında ChIP-seq uyguladık. Biyoinformatik yöntemler ile ChIP-seq verisini analiz ederek genome üzerinde IRF4 bağlanması gösteren bölgeleri, DNA bağlanma motifelerin ve ilişkili genleri bulduk. Sonraki adımda ilişkili genlerin, yolakların ve biyolojik süreçlerin, tanımlanmasını yaptık. Önceki RNA-seq verileri ile birleştirildiğinde bizim sonuçlarımız, IRF4'un hücre döngüsü ve proliferasyon ile ilişkili genleri, ve hücre içi taşıma sistemini düzenlediğini önermektedir.