Investigation of IRF4-MEF2D protein-protein interaction inmelanoma cells
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: LAILA SAMIR ABED HEDAYA
Danışman: NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Kanser, d unya cap nda onde gelen bir ol um nedenidir. Protein-protein etkile simleri (PPE'ler), kanser h ucrelerinin hayatta kalmas n , b uy umesini ve co galmas n uyaran onkojenik sinyal yollar n n temel birimini olu sturur. Bu nedenle, kanserde PPE'lerin karakterizasyonu, onkojenik mekanizmalar n anla s lmas na yard mc olabilir ve olas terap otik hede ere s k tutabilir. _Interferon d uzenleyici fakt or 4 (IRF4), DNA'y ba glamak ve i slevini yerine getirmek i cin PPI'lere b uy uk ol c ude ba gl olan bir transkripsiyon fakt or ud ur. Uzun bir s ure, IRF4' un lenfoid spesi k protein oldu gu d u s un ul uyordu ve dolay s yla etkile sim ortaklar n n ke s cal smalar ba g s kl k h ucreleriyle s n rl yd . Ancak, IRF4, melanositler ve melanom h ucreleri de dahil di ger h ucre hatlar nda da ifade edilmektedir. C e sitli genom cap nda ili skilendirme cal smalar IRF4 genotiplerini pigmentasyon fenotipleri ve melanom t um orleri geli stirme riski ile ili skilendirdirmi stir. Buna ra gmen IRF4' un melanom h ucrelerindeki rol u tam olarak anla s lamam st r. PPI'lere ba g ml l g nedeniyle, IRF4' un melanomdaki rol un u anlamaya y onelik ana yakla s mlardan biri, etkile sim ortaklar n belirlemektir. Ara st rma grubumuzdaki baz onceki g ozlemler, melanomda IRF4' un potansiyel bir orta g olarak MEF2D'ye i saret etmekteydi. Bu cal sman n amac , melanom h ucrelerinde IRF4 ve MEF2D aras ndaki etkile simi ara st rmak ve bu etkile simin melanom h ucrelerinin t um orijenik ozellikleri i cin kritik olup olmad g n belirlemektir. Hesaplamal tahmin algoritmalar kullan larak, IRF4-MEF2D PPI'nin ziksel olarak m umk un oldu gu bulundu. Bunu koimm un c okt urme deneyleri, yak nl k-temelli ligasyon deneyleri (PLA) ve kromatin imm un c okt urme analizi izledi. PLA deneyleri, melanom h ucrelerinde bir IRF4-MEF2D PPI'ya i saret etse de, ek do grulama deneylerine ihtiya c bulunmaktad r. Ek olarak, tripan mavisi d slama ve GFP rekabet deneylerini kapsayan fenotipik on deneyler, MEF2D'nin melanom h ucrelerinde onemli bir rol ald g n g ostermektedir.