Investigation of noncanonical WNT signaling network in C. elegans
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2009
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: FERAS ALAZİ
Danışman: TÜRKAN HALİLOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Wnt proteinleri, evrim sırasında korunmuş sinyal mollekülleri olup, hayvanların embriyonik gelişme evresinde önemli rol oynarlar. Wnt proteinleri üç farklı sinyal yolizini başlatmaktadırlar. Wnt/ß-katenin sinyal yolizi kanonik sinyal yolizi iken Wnt/PCP and Wnt/Ca2+ sinyal yolizleri ß-katenin'den bağımsız çalışan kanonik olmayan sinyal yolizleridir. Wnt aktivasyonu sonucu hücre çekirdeğinde ß-katenin'in aşırı birikmesinin kansere sebep olduğu tespit edilmiştir. Öte yandan Wnt/Ca2+ sinyal yolizi ile Wnt/ß-katenin sinyal yolizinin zıt çalıştığı tespit edilmiştir. Buna göre, Wnt/Ca2+ sinyal yolizinin tümör baskılayıcı işlevi olabileceği düşünülmektedir. Caenorhabditis elegans, hastalık genlerinin incelenmesi için çok uygun bir model organizmadır. Caenorhabditis elegans, Wnt proteinlerinin türdeşlerini de bulundurmaktadır. Yapılmış olan çalışmada, hem gelişim hem de hastalık süreçlerinde rol oynayan Wnt sinyal mekanizmaları C. elegans'ta hesapsal yöntemler kullanılarak derinlemesine incelenmiştir. Wnt proteinlerinin benzer ve zıt çalışma prensiplerinin daha iyi anlaşılabilmesi için Wnt/Ca2+ sinyal yolizinin protein etkileşim ile domain etkileşim ağyapıları literatür ve türler arası benzerlik bilgileri kullanılarak yeniden yapılandırılmıştır. Yeniden yapılandırılmış sinyal yolizi sonrasında mikro düzeyde ve makro düzeyde incelenmiştir. Mikro düzeyde, yeniden yapılandırılmış sinyal yolizinde bulunan proteinlerin türler arası benzerliği ve evrim içinde korunmuşluğu incelenmiştir. Makro düzeyde, yeniden yapılandırılmış sinyal yolizinin topolojik özelliklerinin literatürde mevcut olan biyolojik ağyapılarla tutarlılığı incelenmiştir. Yeniden yapılandırılmış sinyal yolizi, Wnt/Ca2+ sinyal yolizinde bulunan proteinlerin ve domainlerin çoğunluğunu başarıyla kapsamaktadır. Bu sayede yeniden yapılandırılmış sinyal yolizi tümör baskılayıcı ilaç araştırmaları için bir başlangıç noktası olarak kullanılabilir.