Metabolite footprinting and fingerprinting in Saccharomyces cerevisiae
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2007
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ALİ ERDEM AYGÖK
Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalısmada S. cerevisiae hücrelerinin galaktoz metabolik yolundan sorumlu genlerinin, hexose tasıyıcı, transkripsiyon düzenleyici ve solunumdan sorumlu genlerinin metabolik tepkileri arastırılmıstır. Rgt1?/ rgt1?, adh6?/ adh6?, gal4?/ gal4?, gal6?/ gal6?, gal7?/ gal7, gal80?/ gal80?, hap4?/ hap4?, hxt10?/hxt10?, hxt12?/ hxt12?, mba1?/ mba1?, mig1?/ mig1?, snf3?/ snf3?, yel057c?/yel057c? homozigot delesyon mutantları hoD/hoD (referans sus) 20 gL-1 glukoz çözeltisi içeren batch reaktörlerde büyütülmüstür. Fermantasyonun durağan fazında toplanan örnekler, QTOF kütle spektrometresi yardımıyla hücre dısı ve hücre içi metabolom profillerinin analizi için kullanılmıstır. Daha sonra, PCA ve ICA istatistiksel metodlarının metabolik verilere uygulanması sonucunda grafiklerde aynı bölgede bulunan delesyon mutantlarının biyolojik veya fonksiyonel açıdan birbirleriyle yakın görevlere sahip genler olup olmadığı incelenmistir. Metabolik verilere delesyon mutantlarının birbirleriyle olan iliskisini göstermek amacıyla Pearson korelasyon analizi uygulanmıstır. Korelasyon analizinin sonuçları PCA ve ICA yöntemlerinin geçerliliğini doğrulamaktadır. Delesyon mutantlarının hücre dısı ve hücre içi metabolom verileri için belirli m/z değerlerindeki imzaları elde edilmistir. Elde edilen m/z değerleri çiftli mutant korelasyon analizi için kullanılmıstır. Sonuç olarak, S. cerevisiae hücrelerinin 20. saatteki hücre dısı metabolom verileri ve 25. saatteki hücre içi metabolom verileri görevi bilinen gen gruplarının birbirlerinden daha iyi ayırt edilebilmesine imkan sağlamıstır. Ayrıca fonksiyonu ya da diğer genlerle iliskisi bilinmeyen yel057c? delesyon mutantının snf3?, adh6? ve hxt12? ile aynı bölgede yer aldığı gözlemlenmistir. Bu bulgudan yararlanarak yel057c? delesyon mutantının glukoz veya hexose tasınmasında snf3? ve hxt12? gibi bir rolü olduğu belirtilebilir.