Sphingolipidomics: Qualification and quantification of sphingolipids in yeast
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2007
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ESRA BÖRKLÜ YÜCEL
Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Hesapsal yöntemlerle belirlenen olası ilaç hedeflerinin deneysel olarak dogrulanması nihai hedefini güden bu çalısmada, S. cerevisiae'nın bilinen sifingolipid sentezi mekanizmasının daha iyi anlasılması, mayanın ürettigi sifingolipid metabolitlerinin tayini ve miktarlarının belirlenmesi amacıyla BY4743 ve bu sustan üç homozigot ve dört heterozigot delesyon susu olarak yaratılan ino1D/ino1D, slc1D/slc1D, ser2D/ser2D, INO1/ino1D, SLC1/slc1D, LCB1/lcb1D, ve LCB2/lcb2D susları incelenmistir. Bu amaçla, hücreler kesikli üretim ile zengin ve minimal besi ortamlarında büyütülmüs, ino1D/ino1D susu ayrıca inositol içermeyen besi ortamında da büyütülerek incelenmistir. Zengin besi ortamında kesikli üretimde slc1D/slc1D susunun ana sustan daha yüksek miktarlarda hücre ürettigi, ser2D/ser2D susunun ise zengin ortamda büyüyen tüm suslar arasında en düsük biyokütle degerine sahip oldugu gözlenmistir. Minimal besi ortamında, ino1D/ino1D ve slc1D/slc1D suslarının biyokütle degerleri ana susunkinden yüksek olup, inositolsüz minimal ortamda büyüyen ino1D/ino1D susu, tüm suslardan daha az miktarda hücre üreterek 1.78 g/l lik biyokütle degerine sahip olmustur. Silika tabakalar kullanılan TK analizi ile en uygun lipid çekim yöntemi belirlenmistir. Satın alınan maya (fitosifingozin ve fitoseramid) ve memeli sifingolipid standartları HPLC ile incelenmis ve kolonda kalma süreleri ile miktar-alan iliskisine dayanan kalibrasyon egrileri elde edilmistir. Yabanıl tip susla karsılastırıldıklarında, zengin besi ortamında büyüyen ser2D/ser2D ve inositolsüz minimal besi ortamında büyüyen ino1D/ino1D suslarında fitoseramid miktarlarında belirgin bir artıs ve biyokütle degerlerinde de düsüs gözlemlenmistir. Ancak zengin ve minimal ortamda büyüyen slc1/slc1 susu hem ürettigi hücre miktarı hem de dihidrosifingozin ve fitosifingozin degerleriyle yabanıl tipi geçmistir. nositolsüz minimal ortamda büyüyen ino1D/ino1D ve zengin ortamda büyüyen yabanıl tip suslarının kromatogramları incelenerek kolonda kalma süresi 13.175 dk. ve 16.772 dk. olan bilesenlerin sırasıyla MIPC ve M(IP)2C oldukları düsünülmektedir.