Characterization of the E3 Ubiquitin ligase RNFT2 ortholog CG13605 in Drosophila melanogaster
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: AYŞE KAHRAMAN
Danışman: ARZU ÇELİK FUSS
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Hem entelektüel yetenek hem de adaptif davranıştaki eksikliklerle karakterize edilen Zihinsel Engellilik (ZE), dünya çapında %1-3'lük prevalansı ile başta gelen nörogelişimsel bozukluklardan biridir. Yeni Nesil Dizileme tekniklerinin geliştirilmesi, ZE'nin incelenmesi ve ZE ile ilişkili genlerin tanımlanması için önemli bir adım sağlamıştır. ZE'li 404 akraba aile üzerinde yapılan tüm ekzom dizileme çalışması, RNFT2 geninde ZE ile ilişkili yeni bir yanlış anlamlı varyantın (cT1150C; p.C384R) tanımlanmasını sağlamıştır. RNFT2 (RING finger protein, transmembrane 2), bir RING finger E3 ubikitin tanıyıcı proteini kodlar. Sinek ortologu Dmel/CG13605 aynı tip RING finger alanına (C3HC4) sahiptir ve bir ubikitin E3 tanıyıcı proteini olduğu tahmin edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, RNFT2'nin sinek ortologu CG13605'i karakterize etmek ve RNFT2'nin ID'deki rolünü ve iki protein arasındaki ortolojiyi araştırmaktır. Bu amaçla, ilk olarak CG13605'in ifade örüntüsünü araştırdım ve gelişim boyunca mantarsı gövde Kenyon hücrelerinde ifadesini gözlemledim. Daha sonra RNA yıkımı ve CRISPR nakavt mutantlarını üretip araştırarak fonksiyon kaybı deneyleri yaptım. CG13605 susturma deneyleri, mantarsı gövde loblarında yanlış yönlendirme kusurlarıyla sonuçlandı. Benzer şekilde, nakavt deneyleri de α/β loblarında çeşitli fenotiplere yol açtı. RNFT2 ve CG13605 arasındaki ortolojiyi araştırmak için CG13605 mutant arka planındaki sineklerde yabani tip ve mutant RNFT2'yi ifade ettim. Yabani tip RNFT2 ile yapılan kurtarma deneyleri, gözlenen fenotiplerin kurtarılmasıyla sonuçlanmış ve RNFT2 ile CG13605 arasında işlev odaklı bir ortoloji olduğunu göstermiştir.