Dynamic nature of H1N1 influenza virus hemagglutinin
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2014
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ZEYNEP ERGE AKBAŞ
Danışman: TÜRKAN HALİLOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bir virüsün konak hücreye bağlanma proteinin konak hücre ve antijen rezidülerinin dinamiği, mutasyonlar ile immün tanınmasından kaçacak şekilde değişebilmektedir. Bu çalışmanın ana amacı, 2009 yılı Influenza A pandemik virüsü Hemaglütinin (HA)proteininin Moleküler Dinamik (MD) simülasyonlarını kullanarak diğer H1N1 soyları ile karşılaştırmalı olarak dinamik yapısının incelenmesidir. HA konak reseptör hücreye bağlanma proteinidir ve aynı zamanda virüs-konak etkileşiminde önemli bir rol oynar. İnfluenza A virüs HA proteininin iki varyasyonu ve bunların rezidü 149'da mutasyon uygulanmış yapılarının dinamik davranışları, reseptör bağlanma bölgesi üzerine yoğunlaşarak ve bu mutasyonun yapılar üzerindeki karşılıklı etkileri araştırılarak çalışıldı. Rezidü 149, direk konak hücre bağlanma ya da antijen rezidüsü olmamasına rağmen klasik (R149) ve 2009 pandemik (K149) domuz gribi arasında ayırt edilen bir pozisyonda olmasından kaynaklı öneminden dolayı seçilmiştir. Rezidü 149 doğal yapı (wild-type) ve mutant yapı dinamiği koordine eden dayanak (hinge) noktalarından biri olarak belirlenmiştir. Rezidü 149 reseptör bağlanma bölgesinde yer alan 130 (rezidü 134-138) ve 220 (221-228) döngülerinin ve aynı zamanda antijen bağlanma bölgelerinin (Sa ve Ca) dinamiğini alosterik olarak etkileyebilmektedir. Bu etki K149 varyasyon yapılarında daha kuvvetli olarak ortaya çıkmaktadır. Daha kısıtlı bir hareketlilik gösteren K149 ve R149K yapıları, daha yüksek kooperativiteye ve etkili global bir HA davranışına yol açmaktadır. Genel olarak sonuçlar 149' un HA'nın konak hücre reseptörlerine bağlanma dinamiğini etkileyerek viral etkinliği arttırmada önemli rol oynayan etkenlerden biri olduğunu göstermektedir.