Packing regularities in folded proteins

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2001

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: ELİFE ZERRİN BAĞCI

Danışman: TÜRKAN HALİLOĞLU

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

ÖZET KATLANMIŞ PROTEİNLERDE REZİDÜ YERLEŞME DÜZENİ Latis modeller proteinlerin konformasyon uzayını azaltma amacıyla sıklıkla kullanılır. Protein yapıları çeşitli latislere latisin koordinasyon sayısı arttıkça artan bir doğrulukta örülebilir. Proteinlerin modellenmesi amacı ile çeşitli latis geometrileri uygun olduğu halde, katlanmış yapılardaki rezidülerin belirli bir yerleşme düzenim seçip seçmediği konusunda henüz bir bilgi bulunmamaktadır. Bu tezde, rezidülerin proteinlere özgü düzenli bir yerleşme eğilimi olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bu sonuç Protein Bilgi Bankası'ndan alınan protein yapılarındaki rezidü topluluklarının optimal olarak üst üste çakıştırılmasıyla elde edilmiştir. Bu düzen, proteinlerin üçüncül yapılarının düşük çözünürlüklü uzayda (rezidü başına tek bir nokta) incelenmesi ile anlaşılmaktadır. Buna göre rezidüler tamamlanmamış ve deformasyona uğramış yüzey merkezli kübik bir yerleşmeyi tercih etmektedir. Yüzey merkezli kübik yerleşme aynı büyüklükteki kürelerin en yoğun yerleşmesidir. Bu çalışmada bulunan yerleşme düzeni, proteinlerin molekül içi yoğunluğunu arttırma eğiliminden kaynaklanmaktadır ve rezidü tipine göre küçük farklılıklar göstermektedir. Hem çözücüye temas eden, hem de tamamen proteinin içine gömülmüş olan rezidülerin - en uç örnekler - komşulukları da bu proteinlere özgü genel yerleşme düzenine yakın benzerlik göstermektedir. Rezidüler arasındaki farklılık, doldurulan (ya da çözücü için boş bırakılan) koordinasyon merkezlerinin sayılan şeklindedir. Çözücüye temas eden yüzey rezidüleri için bile aynı yerleşme düzeni geçerlidir. Sonuç olarak rezidülerin çevresindeki çözücüye ayrılan hacim ihmal edildiği takdirde, proteinin yüzeyi dahil olmak üzere tüm bölgelerinde aynı oranda muntazam ve yoğun bir yerleşme düzeni bulunduğu anlaşılmıştır.