Investigation of the bacterial uptake of fluorescently labeled peptides and motility studies using lab-on-a-chip technology

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2019

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: MERVE YÜCE

Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bakteriyel patojenlerin direnci, yüksek mortalite ile ilişkili dünya çapında bir sorundur. Bu çalışmanın amacı bakteri direnciyle mücadelede mikroakışkan teknolojisini iki farklı uygulamada kullanmaktır. Tezin ilk aşamasında hücreye nüfuz eden peptitlerin hücreye alınması incelenmiştir. Tezin ikinci aşamasında amiloride ile inkübe edilen basil hücrelerinin motilitesindeki değişimler incelenmiştir. Bakterilerin dış membranı mevcut antibiyotiklerin periplazmaya girişini yavaşlatmaktadır. Hücreye nüfuz eden peptitler geleneksel antibiyotiklere umut verici alternatiflerdir. Oligopeptit permeaz sistemi, peptit alımında önemli bir rolü olan protein taşıma sistemidir. Hücreye nüfuz eden pVEC peptidi ile kimerik P4 ve P2 peptitlerin floresan yoğunlukları mikroakışkan sistemiyle incelendiğinde ve konfokal mikroskobuyla doğrulandığında, peptitlerin yabanıl tip hücrelerde iç zardan geçtiği ancak mutant hücrelerde periplazmada biriktiği görüldü. Bu sonuçlar Opp sisteminin antimikrobiyal peptitlerin sitoplazmaya geçişini kontrol etmek için bir hedef olarak kullanılabileceği gözlemlendi. Bakterilerin virülans etkisi, hücresel zarı üzerindeki kamçı yapıları ile kısmen kontrol edilir. Bu çalışmada kullanılan mikroakışkan sistem ile amiloride varlığında nötrofilik basil hücrelerinin motilitesi hafifçe düşerken, alkalifilik basil hücrelerinin motilitesinin tamamen engellendiği görülmüştür. Reaksiyon ve rombik hazneler (zeonor), hücrelerin sürekli görüntülemesini ve peptit/ilaçların bakteri hücreleri üzerindeki etkilerini büyüme, peptit alımı ve kamçısal hareketlilik açısından incelememizi sağlamıştır.