Whole-transcriptome analysis of protein-coding potential in the model plant Medicago truncatula
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: UMUT ÇAKIR
Danışman: NECLA BİRGÜL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Tek bir kırpılmış transkriptten kaç farklı protein üretilebilir? Genom adlandırma projeleri genelde altORF'lerin kodlama potansiyelini dikkate almazken, birçok altProt'un çeşitli organizmalarda önemli işlevleri olduğu gösterilmiştir. Üç okuma çerçevesinin tümünde protein kodlama potansiyelinin varlığına ek olarak, kırpılmış ökaryotik transkriptler, programlanmış tekli veya çoklu ribozomal çerçeve kaymasına maruz kalabilir. Bir protein tek bir kırpılmış transkriptten tekli ya da çoklu ribozomal çerçeve kayması olaylarıyla üretilmesine göre, bu yeni proteinler sırasıyla kimerik ve mozaik protein olarak adlandırılır. Tekli ribozomal çerçeve kayması olaylarıyla üretilen proteinler virüslerde uzun süredir bilinmekte ve daha sonra yüksek ökaryotlarda da bulunmuştur. Buna karşılık, şimdiye kadar mozaik proteinlerin varlığının tarif edilmesi zordur ve virüslerde sadece bir örneği bulunmuştur. AltORF'lerin tespiti bu olağandışı proteinleri tanımlamak için kullanılabilir, çünkü altORF'ler, kimerik ve mozaik proteinler için yapı taşları olarak hareket edebilir. Farklı okuma çerçevelerinden gelen genetik bilginin bu şekilde ayıklanması ve birleştirilmesi, proteom çeşitliliğini önemli ölçüde artırabilir, organizmaların esnekliğini ve çeşitli çevresel koşullara karşı uyum sağlama kabiliyetini artırabilir. Bu proje, sekansların koruma kanıtlarına veya MS analizi ile tespite dayalı altProt'ları tanımlamayı ve mozaik translasyonun varlığını göstermek için tekli ve çoklu ribozomal çerçeve kaydırma olayları yoluyla üretilen proteinleri bulmayı amaçlamaktadır. Çalışmamızda iyi bilinen bir model legüm olan Medicago truncatula'da translasyona uğrayan 715 altProt, 146 kimerik protein tespit edilmiştir. İki transcript mozaik proteini ve daha önce viral olmayan organizmalarda hiç tespit edilmemiş olan mozaik translasyonun varlığını desteklemektedir. Ayrıca, binlerce korunmuş altProt tespit edilmiştir. Bu çalışma yeni bir proteomik alanına öncülük etmektedir ve bitki biyologları ve translasyon ile ilgilenen uzmanlar için büyük değer taşımaktadır. Ayrıca, proteom karmaşıklığı ve çeşitliliğine ilişkin mevcut anlayışta büyük bir değişimin yolunu açmaktadır.