NFAT and IRF4: The characterization of a new regulatory AXİS in SK-MEL-28 melanoma cell line
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: NALAN YILDIZ AYHAN
Danışman: NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Melanom kanser tedavisinin geç evrelerde başarı oranı hala sınırlıdır. Melanom başlangıcı ve ilerlemesinde yer alan yolakların karakterize edilmesi önemlidir. Kalsiyum ile ilgili yolaklar, kanser tedavilerinde ilgi görmektedir ve melanom hücrelerinin aktif kalsiyum sinyaline sahip olduğu gösterilmiştir. Nuclear Factor of Activated T-cells (NFAT), NFAT4 (NFATc3) dahil olmak üzere, kalsiyum seviyelerine bağlı regüle edilen transkripsiyon faktörleri (TF) ailesindendir. İnterferon Düzenleyici Faktör 4 (IRF4), lenfoid kanserlerin yanı sıra melanomda da yüksek ekspresyona sahip olan diğer ilgilendiğimiz TF'dır. Her iki TF, ilk olarak immün hücrelerinde transkripsiyonel regülasyonda önemli rolleri olan TF olarak tanımlanmıştır. Bugüne kadar, hiçbir çalışma melanomda NFAT4 ve IRF4 fonksiyonlarını ilişkilendirmedi. SK-MEL-28 hücre hattında aktif kalsiyum regülasyonu, NFAT4 lokalizasyonuna immünofloresan görüntülemesiyle gösterildi. NFAT4 veya IRF4'ün kaybı, GFP rekabet deneyi ile, rekabet azalması tespit edildi. Trypan mavisini hücre dışında bırakma deney sonucunda canlı hücre oranında azalma tespit edildi. Kolonilerin kristal mor boyanması ile, koloni oluşum potansiyelinde azalma gözlemlendi. Matrigel kaplı transwell deneyinde, NFAT4 kaybı sonrasında invazyonda azalması gözlemlendi. IRF4'ün proksimal promotörü üzerindeki NFAT4 bağlanması ChIP-qPCR ile gösterildi ve qRT-PCR ve western blot deneyleri, IRF4 transkripsiyonunun NFAT4 tarafından regüle edildiği gösterilmiştir. NFAT4 ve IRF4 ekspresyonu kamuya açık hasta melanom doku numunesinden yapılan uzamsal gen ekspresyon analizinde benzer ekspresyon profili gösterdi. Bu çalışmanın sonuçları, doğrudan melanom hedeflerinin geliştirilmesi, birleşik veya adjuvan tedavinin geliştirilmesi için bir temel olarak kullanılabilecektir ve NFAT4-IRF4 ekseni önemli role işaret etmektedir.