Allosteric communication in binding domain of nicotinic acetylcholine receptors
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2006
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: LEVENT TUNA
Danışman: TÜRKAN HALİLOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Uzaktan etkileşimlerin reseptör kanallarının açılmasında büyük bir önemi olduğudüşünülmektedir. Allostery kelimesi molekülün bir tarafındaki etkinin molekülün bir başkayerine etki etmesi anlamına gelmektedir ve latincedeki allo ?öteki? ve stereo ?şekil?kelimelerinden türemiştir. Asetilkolin tanımlanmış ilk sinir hücreleri arası iletkendir. nsanlarda dahil birçok organizmanın sinir sistemlerinde bulunurlar. Bu tezde asetilkolinin bağlandığıbölge ile kanalın en dar yeri arasındaki allosterik etkileşmiler incelenmiştir. Bu incelemelerasetilkolin bağlanma protein'i, nikotinik asetilkolin reseptörleri ve bu reseptörlerin hücre dışıkısımları için ayrı ayrı yapılmıştır. Bunun için bazı bilgisayarlı metotlar kullanılmıştır. Heraminoasitin birbirleri ile olan etkileşimlerini anlayabilmek için her üç yapıya da Gaussian ağmodeli (GNM) ve anizotropik ağ modeli (ANM) uygulandı. Bu etkileşimler MCPOOL isimliprogram ile analiz edildi. MCPOOL isteğe göre belirlenen iki bölge arasında yollar türeten vebu bölgeler arasındaki uzaktan etkileşimleri gösteren bir programdır. Bu bölgelerin GNM veANM'in dinamik modlarında nerelere denk geldiklerine bakıldı. Bu bölgeler ayrıcakorunmuşmu yoksa evrim boyunca mutasyona uğramışmı diye kontrol edildi. Yapıların üçboyutlu yer değişimlerini incelemek için ANM programı kullanıldı. Her üç molekül için defarklı modlardaki hareketler incelendi. Bu hareketler sonrasında kanalın açılıp açılmadığınıanlamak için HOLE isimli program kullanıldı. Bütün sonuçlara göre Loop 2, Cys Loop veLoop 9 bölgeleri allosterik etkileşimlerde en çok kullanılan yerler olarak görüldü ki buda dahaönce yapılmış olan çalışmalarla örtüşmektedir. Bunların yanısıra bazı farklı bölgeler deönemli olarak görülmüştür. Bu bölgeler en yavaş hareketlerin olduğu modlarda minimumnoktalarına karşılık gelmektedir. Korunmuşluk ve mutasyona uğrayıp uğramadıklarınıincelemek için yapılan analizlerin sonucunda görülmüştürki allosterik etkileşimde önemli roloynayan bölgelerin veya aminoasitlerin bir kısmı ya korunmuş yada mutasyona uğramışolarak göze çarpmaktadır. Hücre duvarı bölgesinin bulunması kanalın açılımı hakkında bazıyararlı bilgiler vermiştir. Hücre duvarı bölgesi olmadığı takdirde hücre dışı bölümü kendibaşına kanalın açılmasını sağlayan dönme hareketini gösterememektedir.