Verification of novel Wnt/B-catenin pathway targets
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: AYŞE NUR KAYABAŞI
Danışman: NECLA BİRGÜL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:En temel sinyal iletim basamaklarından biri olan Wnt/β-catenin, omurgalılarda embriyonik gelişimi ve yetişkin homeostazisini kontrol eden evrimsel olarak korunmuş bir sinyal yolağıdır. Doku homeostazında önemli bir role sahip olan Wnt/β-catenin sinyal yolağının anormal aktivasyonu birçok çeşit kanser ile bağlantılı olup, bu yolun hedef moleküllerindeki mutasyonların tümörijenik etkiye sahip olduğu belirlenmiştir. Laboratuvarımızda yürütülen daha önceki çalışmalar BRI3 (Beyin Protein 3) ve MGAT1 (Mannosil (Alfa-1,3 -) - Glikoprotein Beta-1,2-N-Asetilglukosaminiltransferaz) genlerinin Wnt/β-katenin yolağının yeni transkripsiyonel hedefleri olduğunu doğruladı. BRI3 veya MGAT1'i stabil şekilde eksprese eden hepatosellüler kanser hücreleri Huh7'lerin, doğal fenotip Huh7 hücrelerine kıyasla daha proliferatif ve istilacı yeteneklere sahip olduğu ve deri altından NUDE/SCID farelere enjekte edildiğinde daha büyük tümör oluşumu ile sonuçlandığı görülmüştür. MGAT1 ve BRI3 genlerinin hepatoselüler kanser oluşumuna katkısını aydınlatabilmek için araştırmaları daha derine indirerek RNA-dizileme yöntemine başvurulmuştur. Çeşitli hücresel yolaklarda görev alan belirli genlerde, kontrol ve BRI3 veya MGAT1 genlerinden birinin aşırı anlatımının sağlandığı hücreler arasında diferansiyel ekspresyon seviyeleri gözlemlenmiştir. Western Blot ve qRT-PCR teknikleri kullanılarak bu diferansiyel ekspresyon seviyeleri doğrulanmıştır. Kanser oluşumunun altında yatan mekanizmayı ortaya çıkarabilmek adına protein-protein fiziksel etkileşimleri biyoinformatik olarak incelenmiş ve farklı kombinasyonlarda proteinlerarası etkileşim saptanmıştır. Literatür araştırması da dahil edilerek BRI3 ve MGAT1 genlerinin hepatosellüler kanser oluşumuna katkısı seçilen genler üzerinden incelenmiş, ve aydınlatılmaya çalışılmıştır.