Systems biology of yeast signal transduction
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2007
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: KAZIM YALÇIN ARĞA
Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bir hücresel aktivitenin gerçeklesmesine katkıda bulunan protein gruplarını temsil eden protein etkilesim ağyapılarının olusturulması, sinyal iletim yolizleri üzerine gerçeklestirilen kantitatif çalısmalar için anahtar basamaktır. Bu çalısmada, protein-protein etkilesim, gen anlatım verileri ve Gen Ontoloji açıklamalarının bütünlestirilmesi yoluyla yüksek-bağıntılı bir protein etkilesim ağyapının olusturulmasını ve analizini sağlayacak yeni bir çatı sunulmustur. Bu ağyapı, Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde sinyal iletim mekanizmaları için aday proteinlerden olusmaktadır. Ağyapı içerisindeki mümkün olan tüm doğrusal yolizlerin saptanması ve puanlanması, Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde faaliyet gösteren iki glikoz algı-sinyal ileti ve dört MAPK sinyal ileti yolizine ait model ağyapıların olusturulmasına olanak sağlamıstır. Bu model ağyapılar içerisinde, yolizlerinin hemen hemen tüm bilinen bilesenlerinin saptanması, yolizlerinin olusturulmasındaki basarıyı göstermektedir ve böylece bu yolizleri için bir takım yeni aday proteinler önerilebilmistir. ?lgili sinyal ileti bilesenlerini birbirine ve komsu ağyapılara bağlayan yüksek-puanlı fiziksel ve islevsel bağlantıları içeren ayrıntılı bir harita hazırlanmıstır. Biyomoleküler ağyapıların topolojik özelliklerinin tespitini sağlayacak yeni ve etkin bir algoritma gelistirilmistir. Buna ek olarak, oyun teorisi kavramlarının biyoinformatiğe uyarlanması yoluyla MAPK sinyal ileti yolizlerinin tasarım ilkelerinin anlasılmasına çalısılmıstır. Sinyal ileti proteinlerinin topolojik özelliklerine göre sınıflandırılması ile birlikte sinyal iletimindeki hiyerarsik örgütlenme de incelenmistir. ?saretçi GO terimleri, yapılan sınıflandırma ve protein islevselliği arasındaki bağıntıyı isaret etmis ve islevselliğin örgütlenmesi bir katman ayrıstırma tekniği kullanılarak ilaveten incelenmistir. Gen anlatım kontrolü ile bütünlestirilmis protein-protein etkilesim ağyapısında, düzenleyici motif ve yüksek-mertebeli modüllerin belirlenmesi için yeni bir teknik gelistirilmistir. Birbirine bağlı bu modüllerden olusan kümeler, Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde etkin olan birtakım düzenleyici mekanizmaları isaret etmektedir.