Reconstruction of protein-protein and domain-domain interaction networks of Wnt signaling in C. Elegans

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2008

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: MUHAMMED ENES ORUÇ

Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Hücreler arası sinyal iletim ağları ve gen anlatımı devreleri canlı organizmalarda hayatın devamı için önemli rol oynarlar. Meydana gelen her bir sinyalin hangi gen bağlantılarını harekete geçirdiği, oluşan hataların ve aksaklıkların hangi hastalıklara yol açtığı ve bu hastalıkların tedavisinde nasıl bir yaklaşım izlenileceği oldukça önemlidir. Wnt sinyal iletim ağı elemanları normal gelişimde görev alan oldukça önemli bir sinyal sisteminin parçalarıdır. Ancak bu wnt sinyal sisteminin fazla aktivasyonu kansere yol açmaktadır. Günümüzde wnt sinyal iletim ağı hakkında sahip olunan bilgiler, kanser vakalarında uygulanacak tedavilerin belirlenmesi için yeterli değildir. Son yıllarda kanser hastalığında yeni tedavi yöntemleri olarak cerrahi öncesi tümör hacmini yada onun çevre dokulara olan bağlantısını azaltabilmek amaçlanmaktadır. Bu çalışmada, protein-protein etkileşim ve Gen Ontoloji açıklamalarının bütünleştirilmesi yoluyla yüksek-bağıntılı bir protein etkileşim ağyapının oluşturulmasını ve analizini sağlayacak yeni bir çatı sunulmuştur. C.elegans organizması hücreler arası sinyal iletimi hakkında bilgi vermesi amacıyla seçilmiştir. Wnt sinyal ağı üzerinde planlanan araştırma kapsamında eksik ve bilinmeyen proteinlerin saptanması ve bu proteinlerin hangi ilmikler (etki alanları) vasıtasıyla birbirlerine bağlandıkları tespit edilerek sistemin daha iyi anlaşılması üzerine çalışılmıştır. Böylelikle kansere sebebiyet veren hücre çekirdiği içinde ß-katenin birikimini baskılayıcı ilaç geliştirilmesine katkıda bulunulabilecektir. Ağyapı içerisindeki mümkün olan tüm doğrusal yolizlerin saptanması C.elegans hücrelerinde faaliyet gösteren wnt sinyal ileti yolizine ait proteinlerin belirlenmesine olanak sağlamıştır. Şu an mevcut olan literatür bilgisinde ß-katenin proteininin etkileşimleri sınırlı sayıda olmasından, protein etkileşim ağyapının içerisinde fazla ön plana çıkmamıştır. Bununla beraber mig-5 proteini bu analizlerde dikkat çeken bir protein olarak bulunmuştur.