Understanding the rheumatoid arthritis-gut axis by metabolic network analysis
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: DESTİNA EKİNGEN GENÇ
Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Romatoid Artrit (RA), çoğunlukla eklemleri etkileyen otoimmün bir hastalıktır. Genetik yatkınlığın yanı sıra beslenme çeşidini içeren çevresel faktörler, hastalığın anlaşılması ve tedavisi için önemli parametrelerdir. RA hastalarının bağırsaklarında bulunan bakterilerin etkilerini anlamak için bu çalışmada genom ölçekli metabolik modelleme kullanılmıştır. Bakteriyel taksonun büyümeleri, metabolit değişimleri, işbirlikçi veya rekabetçi davranışları, odak etkileşimleri ve elastikiyet değerlerinde beslenme farklılıklarına göre meydana gelen değişiklikler Python kütüphanesi MICOM yazılımı ve CPLEX çözücü kullanılarak incelenmiştir. Gıda ortamı olarak Batı, Akdeniz ve Vegan diyetleri seçilmiştir. Her üç diyete de demir, ornitin ve fenilalanin takviyeleri eklenerek etkileri belirlenmiştir. Bu çalışma, diyet tipinin genel olarak önemli değişikliklere sahip olmadığını ortaya çıkarmakla birlikte, Clostridium celatum, Fusobacterium varium ve Haemophilus parainfluenzae gibi bazı bakteri türleri besin alım türünden belirgin şekilde etkilenmiştir. Bakteriyel üreme sonuçlarına göre Akdeniz ve Vegan diyetleri patojenlere karşı fazla etkili olamamış; ancak bakteri türlerine bağlı olarak farklı metabolitlerin akış yoğunluğunu değiştirmiştir. RA topluluklarının sağlıklı topluluklara göre daha fazla işbirlikçi etkileşime sahip olduğu bulunmuştur, ancak ikili etkileşimler açısından kısa zincirli yağ asidi türleri dikkate alındığında RA topluluğunun sağlıklı topluluğa kıyasla daha düşük akı değerlerine sahip olduğu ortaya çıkmıştır. Üç diyet tipi için de yapılan tüm ek diyet takviyelerinin Clostridium celatum'da, standart diyetlere göre önemli akı değişikliklerine sebep olduğıu bulunmuştur. Çalışmanın sonunda, RA için potansiyel belirteçler olarak amino asit metabolitleri alanin, prolin ve lösin listelenmiştir. Bağırsak florasında bulunan mikrobiyom arasında, Clostridium Celatum, Enterococcus faecalis, Enterobacter aerogenes, Bacteroides faecis, Haemophilus parainfluenzae ve Fusobacterium varium olası biyobelirteçler olarak öne çıkmışlardır.