Gating mechanism in nicotinic acetylcholine receptor channel
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2006
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: SERKAN KARADAĞ
Danışman: TÜRKAN HALİLOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Nikotinic asetilkolin resept¨or¨u (nAChR) ligand kontroll¨u (ligand gated) iyon kanalıdır. Bu resept¨ordeki bozukluklar bir¸cok kas hastalı˜gına neden olur. Bu resept¨or¨un ¸calı¸sma mekanizması tam anlamıyla anla¸sılamamı¸stır. Bu ¸calı¸smada Torpedo marmorata'nın nAChR'ı protein veri bankasındaki sadece h¨ucre duvarının i¸cindeki b¨olgeyi i¸ceren 1oed ve h¨ucre dı¸sı ve h¨ucre i¸ci b¨olgeri de i¸ceren 2bg9 kodlu yapılar incelenmi¸stir. Elastik a˜g modelleri olan Gaussian ve anizotropik (Anisotropik) a˜g yapı modelleri resept¨or¨un hareketlerini incelemek i¸cin kullanımı¸stır. C¸ apraz korelasyonları inceleyip yapı i¸cindeki haberle¸sme yollarını bulmak i¸cin MCPOOL adlı bir program tasarlanmı¸stır. Ayrıca korunmu¸s (conserved) aminoasitler ve beraber de˜gi¸sime u˜gramı¸s aminoasit ¸ciftleri (correlated mutation) belirlenerek aminoasitlerin evrimsel de˜gi¸simi ile ¨u¸c boyutlu yapıdaki dinami˜gin nasıl ¨ort¨u¸st¨u˜g¨u irdelenmi¸stir. Dinamik sonu¸clar h¨ucre duvarındaki M1, M2, M3 ve M4 sarmal yapılarından olu¸san, b¨olgenin di˜ger b¨olgelerin varlı˜gından etkilendi˜gini g¨ostermektedir. H¨ucre dı¸sı b¨olge ile h¨ucre duvarı i¸cinde olan b¨olge arasındaki M2-M3 b¨olgesinin hareketlerinin h¨ucre dı¸sı b¨olge tarafından bastırıldı˜gı g¨or¨ulmektedir. MCPOOL tarafından ortaya ¸cıkarılan haberle¸sme yolu ¨uzerinde M1'deki ilk M4'teki son ve M2-M3 ara b¨olgesindeki aminoasitler yer almaktadır. En kısa haberle¸sme yolu ¨uzerinde en ¸cok yer alan aminoasitlerin yapınin mekanistik olarak ¨onemli noktalarında yer aldı˜gı ve korunan ve birlikte de˜gi¸sen aminoasit ¸ciftleri ile ¨ort¨u¸st¨u˜g¨u g¨or¨ulmektedir. Bu sonu¸clar ı¸sı˜gında adı ge¸cen b¨olgelerin resept¨or kanalının a¸cılma mekanizması i¸cin ¨onemli oldukları belirlenmi¸stir