Implementation of CRISPR based technologies for genome and gene expression manipulation of IRF4 in melanoma cells
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: CANSU YERİNDE
Danışman: NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bakterilerde daha önceleri bir uyarlayıcı bağışıklık mekanizması olarak keşfedilen ve "Düzenli aralıklarla bölünmüş palindromik kümeler" anlamına gelen CRISPR/Cas9 sistemi kullanım kolaylığı ve kolay uyarlanabilme özelliğinden dolayı son yıllarda yaygınlaşan bir genom mühendisliği ve gen nakavt teknolojisi haline gelmiştir. CRISPR/Cas9, Cas9 endonükleazının mutasyona uğratılıp dCas9 olarak adlandırılan katalitik olarak inaktif hale getirilmesiyle çok etkili bir gen ifadesi manipülasyon aracı olarak kullanılabilir. dCas9 proteini transkripsiyon baskılayıcı veya aktive edici protein bölgeleriyle birleştirilince hedef genlerin ifade edilmesini daha güçlü bir şekilde baskılayabilir veya ifade edilmesini aktif hale getirebilir. Genom üzerindeki hedef bölgelerin ve rehber RNA'ların düzgün dizayn edilmesiyle çok yüksek seviyede gen ifadesi baskılama ya da aktive etme seviyelerine ulaşılabilir. Bu çalışmada CRISPR temelli gen nakavtı, gen ifadesi baskılama ve aktive etme yöntemlerini melanoma hücreleri üzerinde uygulayarak Interferon Düzenleyici Faktör 4'ün (IRF4) bu hücrelerdeki rolünü kanser fenotiplerini araştıran deneylerle karakterize etmeyi amaçladık. Sonuçlarımıza göre, CRISPR temelli, lentiviral ve uyarılabilir gen nakavtı, gen ifadesi baskılama ve aktive etme metotlarını başarıyla dizayn ederek uyguladık ve daha sonra bu sistemleri IRF4'ün ifadesini melanoma hücrelerinde manipule etmek için kullandık. Bu sistemleri valide edilmelerinden sonra GFP hücre yarıştırma deneylerinde kullandık. GFP hücre yarıştırma deneylerinin ön sonuçlarına göre IRF4'ün melanoma hücrelerinin rekabete dayanan sağlık durumları ve hayatta kalmaları için kritik olduğunu gözlemledik. Bu sonuçlar melanoma hücrelerinin de çeşitli B hücresi kanser hücrelerine benzer şekilde IRF4'e karşı onkogen olmayan bağımlılıklarının olduğunu göstermektedir.