An ontology based representation of semantic annotations for biomedical relations extracted from scientific documents

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: BERKAY ATAMAN

Danışman: SUSAN MICHELE ÜSKÜDARLI

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bilimsel literatürün büyük hacmi dolayısıyla, araştırmacıların, makalelerin içlerinde gömülü olan bilgileri tanımlaması ve kullanması zorluk teşkil etmekte ve otomatik çıkarma ve işlemeyi gerekli kılmaktadır. Otomatik işleme, çıkarılan bilgi ontolojilerle temsil edilen bağlantılı veri kaynaklarıyla birleştirilebileceği düşünüldüğünde özellikle önemli hale gelmektedir. Bağlı Açık Veri (LOD) kaynaklarında temsil edilen geniş bilgi alanı, anlamsal arama ve çıkarım yoluyla çok sayıda bilgi keşfi fırsatı sunar. Bu tez, bilimsel makalelerde gömülü biyomedikal varlık ilişkilerini çıkarmayı ve bunları makine tarafından işlenebilir bir şekilde anlamsal olarak temsil etmeyi amaçlamaktadır. Bu amaçla, biyomedikal varlık ilişkilerini ve bunların bilimsel makalelerdeki kökenini temsil eden Biomedical Entities Evidences (BEE) adlı bir ontoloji önerdik. Yaklaşımın uygulanabilirliğini ifade etmek için kimyasal-protein çok sınıflı ilişkileri ve kimyasal-hastalık ikili ilişkilerini çıkardık. Bu ilişkileri BEE ontolojisi aracılığıyla temsil ettik. Ontoloji tabanlı semantik temsilin faydalarını göstermek için, birkaç LOD kaynağını ve ontolojilere ve özel kurallara dayalı çıkarsanan verileri kullanan bir semantik uygulama prototipi geliştirdik. Bu prototip, değişen karmaşıklıklarda bilgi alma görevlerini gerçekleştirerek anlamsal temsilin faydalarını değerlendirmek için kullanıldı.