Investigation of infection mechanisms through pathogen-human protein-protein interactions by bioinformatics approaches

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2013

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: SALİHA DURMUŞ TEKİR

Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Enfeksiyöz hastalıklar eski çağlardan günümüz modern dünyasına değin insan ölümlerinin başlıca nedenleri arasında gelmektedir. Enfeksiyon yapıcı mikroorganizmalar, patojenler, insan vücuduna girdiklerinde insan proteinleri ile etkileşerek, insanın hücresel mekanizmalarını kendi yararlarına kullanarak enfeksiyona neden olurlar. Bu patojen-konak moleküler etkileşimlerinin anlaşılması, enfeksiyon mekanizmaları hakkındaki bilgimizi arttıracak ve yeni tedavi çözümlerinin bulunmasını sağlayacaktır. Genom, proteom ve sonrasında interaktom verilerindeki gelişmeleri takiben, büyük ölçekli patojen-insan arası protein etkileşimleri son yıllarda üretilebilmektedir. Bu tez kapsamında, patojen-konak etkileşimleri (PKE) hakkında detaylı bilgi sunan patojen-konak etkileşim arama aracı, PHISTO yeni bir Web-erişilebilir platform olarak geliştirilmiştir. PHISTO, insan ile arasında deneysel olarak bulunmuş protein etkileşim verisi olan bütün patojen tipleri için en güncel PKE verisine ulaşmayı sağlamaktadır. Bu platform kullanıcılara ayrıca PKE ağyapılarının görselleştirilmesi, patojenler tarafından hedef alınan insan proteinlerinin grafik teorisi ile analizi ve BLAST arama konularında hesaplamalı analiz araçları sunmaktadır. PHISTO, böylelikle enfeksiyöz hastalıklar için potansiyel ilaç hedefleri belirleyebilecek PKE çalışmalarını kolaylaştırmayı hedeflemektedir. PHISTO?daki PKE verileri kullanılarak, öncelikle bakteri ve virüs sonrasında da DNA virüs ve RNA virüs enfeksiyon mekanizmalarının aydınlatılması amacıyla, karşılaştırılmalı interaktom analizleri, bu çalışmayla literatürde ilk defa bu kadar kapsamlı olarak gerçekleştirilmiştir. PKE ağyapılarının biyoinformatik analizleri sonucu patojen tipleri tarafından ortak ve özel olarak kullanılan enfeksiyon stratejileri hakkında önemli bulgular elde edilmiştir.