Identification and docking analysis of allatostatin receptor in Carausius morosus

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2012

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: BURÇİN DUAN

Danışman: NECLA BİRGÜL

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Allatostatin resept orleri (AlstR) ve bunlarn peptid ligandlar (AST) b oceklerdeGenclik Hormonu uretimini durdurarak metamorfoz asamasnda g orev yapmaktadr.Bu tezde AlstR-AST baglanmasna dair ayrntl bir bilgi edinmek amacyla yapyadayaly ontemler tek-molek ul yaklasmlar ile bir arada, bir laboratuvar model organizmasolan Carausius morosus uzerinde kullanlmstr. Daha onceden bulunmusolan TM b olgesindeki bilgiye g ore hazrlanms ozel primer ciftleri yardmyla 3' ve5' RACE reaksiyonlar gerceklestirilerek mRNA dizisi bulunmustur. En uzun ackokuma penceresi tahmin edilmis ve b oceklerdeki Allatostatin resept or u tip C oldugubelirlenmistir. Bunun uzerine, ilgili resept ore bu projede C. morosus Allatostatin C resept or u (CamAlstR-C) ad verilmistir. Daha sonra, CamAlstR-C baglanma kosullarnanlamak icin evrimsel analiz biyoenformatik modelleme ve yerlestirme araclar ile birlestirilmistir. Bu baglanma atomik kuvvet mikroskobu ile in vivo olarak da g osterilmistir.Bu calsma, universitemizde AFM'nin canl h ucreler uzerinde denendigi ilk calsmadr.CamAlstR-C'nin asr anlatmnn saglandg h ucrelerde baglanma kuvvetleri olc ulebilmistir. Buna ek olarak, baglanma cebinin CamAlstR-C'nin N-ucu, ikinci ve uc unc uh ucre-ds cevrimlerinden olustugu biyoenformatik yollarla tahmin edilmistir. Hattadaha ozel olarak, diger b ocek AlstR'lerinde de ayn ozelligi g osterebilecek, uc unc uh ucre-ds cevriminde ozel olarak korunmus bir baglanma moti (IXTXP) onerilmistir.