Investigation of the relationship between sphingolipid and insulin signaling pathways
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2010
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: KÜBRA BÜYÜKYANBOLU KARAGÖZ
Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Sinyal iletiminde, hücre döngüsünün durdurulması, apoptoz, hücre yaşlanması ve farklılaşmasını da içeren düzenleyici iletim ağlarında önemli rol oynayan hücre zarı lipidleri, sfingolipidlerdir. Sfingolipid mekanizmasında görevi olan seramidin, insülin sinyal iletim ağındaki ana proteinlerden biri olan Akt/Protein Kinaz B'yi inhibe ettiği bilinir. Fakat sfingolipid ve İnsülin sinyal iletimleri arasındaki ilişki tam olarak açıklanamamıştır. Bu çalışmada, sfingolipid ve İnsülin sinyal iletimleri arasında önemli rol oynayan proteinler incelenmiştir. PKH1, YPK1 ve YPK2 genlerinin silinmiş olduğu Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde 30 g/l başlangıç glikoz konsantrasyonunda IPC miktarının doğal suşa göre literatürle uyumlu bir şekilde azaldığı görülmüştür. Ancak 40g/l başlangıç glikoz konsantrasyonunda delesyon mutantlarında doğal şuşa nazaran daha fazla lipid bileşimi elde edilmiş ve ortamda daha fazla glikoz kaldığı bulunmuştur. Ortamdaki başlangıç glikoz miktarı arttığında glikoz sinyal iletiminde yer alan proteinlerin etkilerinin de önemli olduğu söylenebilir. Genel olarak, deneysel sonuçlarda glikoz tüketimi ve kompleks sfingolipid üretimi arasındaki ilişki literatürle uyumlu olarak bulunmuştur. GLUT4 yer değiştirmesini etkileyen en önemli proteinlerden biri olan Akt/PKB, antikanser ilaç buluşları için kritik bir hedef proteindir. Bu yüzden, Akt2 proteini ilaç keşfi açısından incelenerek Akt2'nin cepleri hem geometrik hem de enerjik yaklaşımla tanımlanmıştır. Literatürde tanımlanmış inhibitör bağlanma amino asitlerinden, SplitPocket (geometrik yaklaşıma dayalı program) bitin amino asitleri tanımlarken, Q-SiteFinder (enerjik yaklaşıma dayalı program) sadece bir amino asit tanımlayabilmiştir. Bunun yanı sıra, bağlanma ceplerinin çözünme enerjisi, elektrostatik ve ilaç indeksleri gibi parametlerde incelenmiştir. Bu elde edilen sonuçlar, uygun ligand bulunmasında başlangıç noktası olara kullanılabilir.