Investigation of aging (Chronological Life Span) in S. cerevisiae by systems biology approaches

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2013

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: ESRA BÖRKLÜ YÜCEL

Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Biyolojik sistemler üzerindeki araştırmaların en önemli amaçlarından biri insan hayatının kalite ve koşullarının iyileştirilmesidir. Yaşlanma, bir hücrenin, dokunun hatta organizmanın maruz kaldığı belki de en anlaşılamamış süreç olup bu sürecin sorumlusu olan sebepler, yolakları ve düzenleyiciler üzerine edinilmiş bilgiler kesin ve açıklayıcı olmaktan uzaktır. S. cerevisiae gibi model organizmalarda yaşlanma mekanizmalarını inceleyen çalışmalar yaşlanmanın biyolojisini öğrenmek ve insanda bu mekanizmanın nasıl işlediğini anlamak için uygun olabilirler. Kronolojik yaşlanma süreci sonunda maya hücreleri tipik apoptoz belirtileri göstermekte, oksijen radikalleri biriktirerek kazpaz aktivasyonları sonucunda ölmektedirler. Dolayısıyla mayanın kronolojik yaşlanma süreci hakkında detaylı bilgi kazanılması, insan gibi daha yüksek organizmalardaki hücresel apoptoz mekanizmasının içyüzünün aydınlatılmasına yardımcı olacaktır. Yaşlanma mekanizmasında rol oynayan sinyal ağyapılarının karmaşıklığı konunun sistem biyolojisi araçları ile incelenmesi gerekliliğini öne çıkarmaktadır. Bu nedenle bu tez kapsamında (i) mayada kronolojik yaşlanma ağyapısının kurulması ve topolojik olarak incelenmesi, (ii) ortam asiditesinin kontrolü, glikoz kısıtlaması ve metformin tedavisi gibi stres yaratan ajanların maya hücrelerinin kronolojik yaşlanmasında hangi yolaklarını etkilediklerinin mikrodizin analizi ile tespiti, (iii) elde edilen deneysel bulguların kurulan ağyapı ile bütünleştirilip hesaplamalı açıdan birlikte incelenmeleri, (iv) değişik stres ajanlarınca ortak etkilenen, kronolojik yaşlanma sürecinde dinamik olarak aktif rol alan proteinler ve protein gruplarının belirlenmesi ve (v) çeşitli sinyal ileti ağyapılarının birbirleri ile iletişiminde rol alan olası hedeflerin saptanması üzerine çalışılmış, böylece mayanın kronolojik yaşlanma sürecinin anlaşılmasında daha gerçekçi ve yetkin bir görüş elde edilmesi mümkün olmuştur. Elde edilen bulgular, memeli hücrelerinde yaşlanma ve yaşlılık ile bağıntılı hastalıklar sırasında rol oynayan etkenlerin araştırılmasında güvenilir başlangıç noktaları olarak kullanılabilirler.