Investigation of cell cycle network of yeast using Lab-on-a Chip platform
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2017
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: İREM EZGİ ODABAŞI
Danışman: ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Genom istikrarsızlığı, kanser ve nörodejenerasyon gibi yaşlanma ve yaş ile ilgili hastalıklarda rol oynayan belirgin bir faktör olarak gösterilmiştir. Bununla birlikte, genetik istikrarsızlık ile ilişkili moleküler mekanizmalar belirsizliğini korumaktadır. Son çalışmalar, maya ve daha kompleks ökaryotlarda bulunan büyüme sinyalinin DNA hasarına sebep olan DNA eşlenme stresini aktive etmesi ile oksidatif stres ve yaşlanmaya bağlı hastalıkları etkileyebileceğini göstermiştir. Bu tez kapsamında, maya hücrelerinde Sld7 proteininin rolünü araştırmak için, mayanın interaktom ve transkriptom verilerini birleştiren bir ağ biyolojisi yaklaşımı uygulanmıştır. Gelişmekte olan mayadaki hücre döngüsü ve kronolojik yaşlanma süreçlerinin protein-protein etkileşim ağları yeniden oluşturulmuştur. Nihai amaç, farklı koşullar altında Çip-üzerinde-Laboratuvar platformu kullanılarak yabanıl tip doğal fenotipli ve sld7Δ mutant hücrelerinin davranışlarının izlendiği mikroakışkan teknolojisi kullanarak Sld7 proteininin varsayılan moleküler fonksiyonunu belirlemek ve hesaplama çalışmalarını deneysel bulgularla desteklemektir. Yabanıl tip hücreler ve mutant maya hücreleri, hem alkilleyici bir faktör ile hemde normal koşullarda glikoz açısından zengin YNB veya YPD ortamında yetiştirildi. Tutulan hücrelerin ışık mikroskobu görüntüleri Nikon Eclipse-T ters mikroskop ile düzenli aralıklar ile çekilmiş ve daha sonra ImageJ yazılımı ile işlenmiştir. Hücre sayımı, alan ve çevre değerlerinin sonuçları analiz edilmiş ve hücre boyutlarını (ana ve tomurcuk) hesaplamak için kullanılmıştır. Yabanıl tip ve sld7Δ mutant hücrelerinin G1 ve S / G2 / M fazlarının süreleri, kontrol ve çeşitli çevresel stres koşulları altında belirlenmiştir. Çoklu omik verileriyle sistem biyolojisi yaklaşımı sonucunda, Sld7 proteininin iki farklı görevi olduğu görülmüştür, ve bunlar: hücre döngüsünde "makromoleküler kompleks bağlanmaya" katılması ve tomurcuklanan mayada kronolojik yaşlanmada ise "oksidoredüktaz aktivitesi" şeklindedir. Mayada bulunan Sld7 proteininin bu muhtemel fonksiyonları, insandaki homolog proteini olarak varsayılan MTBP'nin insan metabolizmasındaki rolü hakkında yeni bilgiler sunabilir.