Identification of C17orf45 protein and the effects of its snorNAs on cell cycle
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Boğaziçi Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: VAHAP KAPIKIRAN
Danışman: NECLA BİRGÜL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Wnt / beta-katenin sinyal yolağının hücre üzerinde önemli etkileri vardır ve bu yolak ve bileşenleri üzerindeki düzensizlikler kanser ile ilişkilendirilmiştir. Daha önce laboratuvarımızda yapılan SAGE ve mikroarray analizleri ile Wnt / beta-katenin yolağında anlatımı değişen genler bulunmuş ve hücreye aktif beta-katenin verildiğinde c17orf45 geninin anlatımının arttığı gözlenmiştir. Ayrıca bu gen Wnt yolağı hedef geni olarak da belirlenmiştir. Bunun yanı sıra, farklı kanser türlerinde anlatımı değişen genleri belirlemek amacıyla geliştirilen bir biyoinformatik program vasıtasıyla c17orf45 geninin anlatımının bir çok kanser türünde farklılık gösterdiği saptanmıştır. Laboratuvarımızda gerçekleştirişen başka bir çalışmada ise genin anlatımının menenjiyom örneklerinde arttığı gözlenmiştir. Bunula beraber, c17orf45 geni intronik bölgelerinde 3 farklı snoRNA barındırdığı bilinmektedir. SnoRNA'ların asıl görevlerinin rRNA üzerindeki translasyon sonrası modifikasyonlarda görev almak olduğu kabul edilse de son zamanlarda snoRNA'ların kanser oluşumundaki rolü belirlenmiştir. Bu çalışmada, c17orf45 geninin olası proteini ve snoRNA'larının hücre döngüsü üzerindeki etkisi araştırılmıştır. PAML analizi bu genin işlevsel bir protein üretebileceğini işaret etmesine rağmen Western blot sonuçları kullanılan antikorun olası proteini tanımadığını göstermiştir. Ayrıca, snoRNA'ların kanser hücreleri üzerindeki etkisini görmek amacıyla genin snoRNA'ları HBB geninin intronik bölgesine klonlanmış ve eksonların uç uca eklenmesi sonrası introndan fonksiyonel snoRNA'ların çıkması hedeflenmiştir. Bu bağlamda yapılan deneyler pozitif sonuç vermiş olup bir sonraki aşamada snoRNA'ların hücre döngüsü üzerindeki olası etkileri farklı kanser hücre hatları üzerinde analiz edilmiş; ancak hiç bir hücre hattında belirgin bir fark gözlenememiştir.